Index of /goldenPath/nomLeu3/database
This directory contains a dump of the UCSC genome annotation database for the
Oct. 2012 (Nleu_3.0/nomLeu3) assembly of the gibbon genome
(nomLeu3, Gibbon Genome Sequencing Consortium ) .
The annotations were generated by UCSC and collaborators worldwide.
For more information about this assembly, please note the NCBI resources:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/480
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/assembly/506498
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/13975
Files included in this directory (updated nightly):
- *.sql files: the MySQL commands used to create the tables
- *.txt.gz files: the database tables in a tab-delimited format
compressed with gzip.
To see descriptions of the tables underlying Genome Browser annotation
tracks, select the table in the Table Browser:
http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables?db=nomLeu3
and click the "describe table schema" button. There is also a "view
table schema" link on the configuration page for each track.
---------------------------------------------------------------
If you plan to download a large file or multiple files from this
directory, we recommend you use ftp rather than downloading the files
via our website. To do so, ftp to hgdownload.cse.ucsc.edu, then go to
the directory goldenPath/nomLeu3/database/. To download multiple
files, use the "mget" command:
mget <filename1> <filename2> ...
- or -
mget -a (to download all the files in the directory)
Alternate methods to ftp access.
Using an rsync command to download the entire directory:
rsync -avzP rsync://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/nomLeu3/database/ .
For a single file, e.g. gc5BaseBw.txt.gz
rsync -avzP
rsync://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/nomLeu3/database/gc5BaseBw.txt.gz .
Or with wget, all files:
wget --timestamping
'ftp://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/nomLeu3/database/*'
With wget, a single file:
wget --timestamping
'ftp://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/nomLeu3/database/gc5BaseBw.txt.gz'
-O gc5BaseBw.txt.gz
Please note that some files contents, such as this example gc5BaseBw.txt.gz,
will point to the data being hosted in another /gbdb/ location, which
refers to ftp://hgdownload.cse.ucsc.edu/gbdb/
To uncompress the *.txt.gz files:
gunzip <table>.txt.gz
The tables can be loaded directly from the .txt.gz compressed file.
It is not necessary to uncompress them to load into a database,
as shown in the example below.
To load one of the tables directly into your local mirror database,
for example the table chromInfo:
## create table from the sql definition
$ hgsql nomLeu3 < chromInfo.sql
## load data from the txt.gz file
$ zcat chromInfo.txt.gz | hgsql nomLeu3 --local-infile=1
-e 'LOAD DATA LOCAL INFILE "/dev/stdin" INTO TABLE chromInfo;'
-----------------------------------------------------------------------------
GenBank Data Usage
The GenBank database is designed to provide and encourage access within
the scientific community to the most up to date and comprehensive DNA
sequence information. Therefore, NCBI places no restrictions on the use
or distribution of the GenBank data. However, some submitters may claim
patent, copyright, or other intellectual property rights in all or a
portion of the data they have submitted. NCBI is not in a position to
assess the validity of such claims, and therefore cannot provide comment
or unrestricted permission concerning the use, copying, or distribution
of the information contained in GenBank.
-----------------------------------------------------------------------------
All the files and tables in this directory are freely usable for any purpose.
Name Last modified Size Description
Parent Directory -
augustusGene.sql 2015年07月26日 17:03 1.9K
augustusGene.txt.gz 2015年07月26日 17:03 2.1M
bigFiles.sql 2025年10月12日 04:16 1.4K
bigFiles.txt.gz 2025年10月12日 04:16 94
chainHg19.sql 2013年05月23日 11:52 1.7K
chainHg19.txt.gz 2013年05月23日 11:52 16M
chainHg19Link.sql 2013年05月23日 11:50 1.5K
chainHg19Link.txt.gz 2013年05月23日 11:50 138M
chainHg38.sql 2018年01月07日 09:29 1.7K
chainHg38.txt.gz 2018年01月07日 09:29 246M
chainHg38Link.sql 2018年01月07日 09:30 1.5K
chainHg38Link.txt.gz 2018年01月07日 09:31 753M
chainTarSyr2.sql 2015年05月25日 06:32 1.7K
chainTarSyr2.txt.gz 2015年05月25日 06:32 278M
chainTarSyr2Link.sql 2015年05月25日 06:26 1.5K
chainTarSyr2Link.txt.gz 2015年05月25日 06:27 1.1G
chromAlias.sql 2018年02月04日 08:28 1.4K
chromAlias.txt.gz 2018年02月04日 08:28 202K
chromInfo.sql 2013年05月23日 11:45 1.4K
chromInfo.txt.gz 2013年05月23日 11:45 92K
cpgIslandExt.sql 2013年05月23日 11:50 1.7K
cpgIslandExt.txt.gz 2013年05月23日 11:50 594K
cpgIslandExtUnmasked.sql 2014年06月01日 17:28 1.7K
cpgIslandExtUnmasked.txt.gz 2014年06月01日 17:28 1.3M
cytoBandIdeo.sql 2022年05月26日 12:48 1.5K
cytoBandIdeo.txt.gz 2022年05月26日 12:48 93K
ensGene.sql 2021年05月25日 14:40 1.9K
ensGene.txt.gz 2021年05月25日 14:40 2.9M
ensGtp.sql 2021年05月25日 14:40 1.4K
ensGtp.txt.gz 2021年05月25日 14:40 476K
ensPep.sql 2021年05月25日 14:41 1.3K
ensPep.txt.gz 2021年05月25日 14:41 12M
ensemblSource.sql 2021年05月25日 14:41 1.4K
ensemblSource.txt.gz 2021年05月25日 14:41 138K
ensemblToGeneName.sql 2021年05月25日 14:40 1.4K
ensemblToGeneName.txt.gz 2021年05月25日 14:40 222K
extNcbiRefSeq.sql 2022年05月26日 12:22 1.5K
extNcbiRefSeq.txt.gz 2022年05月26日 12:22 91
gap.sql 2013年05月23日 11:50 1.6K
gap.txt.gz 2013年05月23日 11:50 2.4M
gbLoaded.sql 2020年08月19日 21:42 1.6K
gbLoaded.txt.gz 2020年08月19日 21:42 29K
gc5BaseBw.sql 2013年05月23日 11:51 1.3K
gc5BaseBw.txt.gz 2013年05月23日 11:51 63
geneid.sql 2015年11月22日 19:41 1.9K
geneid.txt.gz 2015年11月22日 19:41 2.1M
genscan.sql 2013年05月23日 11:47 1.7K
genscan.txt.gz 2013年05月23日 11:47 2.7M
genscanSubopt.sql 2013年05月23日 11:48 1.6K
genscanSubopt.txt.gz 2013年05月23日 11:48 5.6M
gold.sql 2013年05月23日 11:53 1.7K
gold.txt.gz 2013年05月23日 11:53 3.3M
grp.sql 2014年03月02日 04:14 1.3K
grp.txt.gz 2014年03月02日 04:14 208
hgFindSpec.sql 2025年03月26日 16:05 1.8K
hgFindSpec.txt.gz 2025年03月26日 16:05 1.2K
history.sql 2013年05月23日 11:47 1.6K
history.txt.gz 2013年05月23日 11:47 390
microsat.sql 2015年08月23日 22:29 1.5K
microsat.txt.gz 2015年08月23日 22:29 329K
ncbiRefSeq.sql 2022年05月26日 12:18 2.0K
ncbiRefSeq.txt.gz 2022年05月26日 12:18 2.8M
ncbiRefSeqCds.sql 2022年05月26日 12:22 1.4K
ncbiRefSeqCds.txt.gz 2022年05月26日 12:22 264K
ncbiRefSeqCurated.sql 2022年05月26日 12:18 2.0K
ncbiRefSeqCurated.txt.gz 2022年05月26日 12:18 2.5K
ncbiRefSeqLink.sql 2022年05月26日 12:19 2.0K
ncbiRefSeqLink.txt.gz 2022年05月26日 12:19 1.3M
ncbiRefSeqOther.sql 2022年05月26日 12:22 1.3K
ncbiRefSeqOther.txt.gz 2022年05月26日 12:22 75
ncbiRefSeqPepTable.sql 2022年05月26日 12:22 1.4K
ncbiRefSeqPepTable.txt.gz 2022年05月26日 12:22 8.2M
ncbiRefSeqPredicted.sql 2022年05月26日 12:18 2.0K
ncbiRefSeqPredicted.txt.gz 2022年05月26日 12:18 2.8M
ncbiRefSeqPsl.sql 2022年05月26日 12:19 2.1K
ncbiRefSeqPsl.txt.gz 2022年05月26日 12:19 3.3M
nestedRepeats.sql 2013年05月23日 11:45 1.9K
nestedRepeats.txt.gz 2013年05月23日 11:45 16M
netHg19.sql 2013年05月23日 11:45 2.1K
netHg19.txt.gz 2013年05月23日 11:45 16M
netHg38.sql 2018年01月07日 09:34 2.1K
netHg38.txt.gz 2018年01月07日 09:34 16M
netTarSyr2.sql 2015年05月25日 06:31 2.1K
netTarSyr2.txt.gz 2015年05月25日 06:31 66M
rmsk.sql 2013年05月23日 11:46 1.9K
rmsk.txt.gz 2013年05月23日 11:47 129M
seqNcbiRefSeq.sql 2022年05月26日 12:22 1.6K
seqNcbiRefSeq.txt.gz 2022年05月26日 12:22 668K
simpleRepeat.sql 2013年05月23日 11:50 1.9K
simpleRepeat.txt.gz 2013年05月23日 11:50 23M
tableDescriptions.sql 2025年10月11日 09:09 1.5K
tableDescriptions.txt.gz 2025年10月11日 09:09 6.1K
tableList.sql 2025年10月12日 04:16 1.6K
tableList.txt.gz 2025年10月12日 04:16 3.1K
trackDb.sql 2025年03月26日 16:05 2.1K
trackDb.txt.gz 2025年03月26日 16:05 46K
ucscToINSDC.sql 2013年09月15日 17:09 1.4K
ucscToINSDC.txt.gz 2013年09月15日 17:09 139K
ucscToRefSeq.sql 2018年02月04日 08:28 1.4K
ucscToRefSeq.txt.gz 2018年02月04日 08:28 142K
windowmaskerSdust.sql 2013年05月23日 11:52 1.5K
windowmaskerSdust.txt.gz 2013年05月23日 11:52 140M
xenoMrna.sql 2020年08月19日 21:23 2.1K
xenoMrna.txt.gz 2020年08月19日 21:23 245M
xenoRefFlat.sql 2020年08月19日 21:38 1.7K
xenoRefFlat.txt.gz 2020年08月19日 21:38 23M
xenoRefGene.sql 2020年08月19日 21:38 2.0K
xenoRefGene.txt.gz 2020年08月19日 21:38 26M
xenoRefSeqAli.sql 2020年08月19日 21:42 2.1K
xenoRefSeqAli.txt.gz 2020年08月19日 21:42 26M