Index of /goldenPath/nomLeu1/database
This directory contains a dump of the UCSC genome annotation database for
the Jan. 2010 (GGSC Nleu1.0/nomLeu1) assembly of the gibbon genome (nomLeu1, GGSC (NCBI project 13975, accession GCA_000146795.1)).
The annotations were generated by UCSC and collaborators worldwide.
This assembly was produced by the National Center for Biotechnology Information (NCBI).
For more information on the gibbon genome, see the project website:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/13975
Files included in this directory (updated nightly):
- *.sql files: the MySQL commands used to create the tables
- *.txt.gz files: the database tables in a tab-delimited format
compressed with gzip.
To see descriptions of the tables underlying Genome Browser annotation
tracks, select the table in the Table Browser:
http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables?db=nomLeu1
and click the "describe table schema" button. There is also a "view
table schema" link on the configuration page for each track.
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If you plan to download a large file or multiple files from this
directory, we recommend you use ftp rather than downloading the files
via our website. To do so, ftp to hgdownload.cse.ucsc.edu, then go to
the directory goldenPath/nomLeu1/database/. To download multiple
files, use the "mget" command:
mget <filename1> <filename2> ...
- or -
mget -a (to download all the files in the directory)
Alternate methods to ftp access.
Using an rsync command to download the entire directory:
rsync -avzP rsync://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/nomLeu1/database/ .
For a single file, e.g. gc5BaseBw.txt.gz
rsync -avzP
rsync://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/nomLeu1/database/gc5BaseBw.txt.gz .
Or with wget, all files:
wget --timestamping
'ftp://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/nomLeu1/database/*'
With wget, a single file:
wget --timestamping
'ftp://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/nomLeu1/database/gc5BaseBw.txt.gz'
-O gc5BaseBw.txt.gz
Please note that some files contents, such as this example gc5BaseBw.txt.gz,
will point to the data being hosted in another /gbdb/ location, which
refers to ftp://hgdownload.cse.ucsc.edu/gbdb/
To uncompress the *.txt.gz files:
gunzip <table>.txt.gz
The tables can be loaded directly from the .txt.gz compressed file.
It is not necessary to uncompress them to load into a database,
as shown in the example below.
To load one of the tables directly into your local mirror database,
for example the table chromInfo:
## create table from the sql definition
$ hgsql nomLeu1 < chromInfo.sql
## load data from the txt.gz file
$ zcat chromInfo.txt.gz | hgsql nomLeu1 --local-infile=1
-e 'LOAD DATA LOCAL INFILE "/dev/stdin" INTO TABLE chromInfo;'
All the files and tables in this directory are freely usable for any purpose.
Name Last modified Size Description
Parent Directory -
all_mrna.sql 2020年08月22日 12:49 2.1K
all_mrna.txt.gz 2020年08月22日 12:49 8.4K
augustusGene.sql 2015年07月26日 16:56 1.9K
augustusGene.txt.gz 2015年07月26日 16:56 2.1M
bigFiles.sql 2025年10月12日 04:14 1.4K
bigFiles.txt.gz 2025年10月12日 04:14 68
chainGorGor3.sql 2011年11月22日 15:50 1.6K
chainGorGor3.txt.gz 2011年11月22日 15:50 15M
chainGorGor3Link.sql 2011年11月22日 15:47 1.5K
chainGorGor3Link.txt.gz 2011年11月22日 15:47 121M
chainHg19.sql 2011年11月22日 15:50 1.6K
chainHg19.txt.gz 2011年11月22日 15:50 16M
chainHg19Link.sql 2011年11月22日 15:54 1.5K
chainHg19Link.txt.gz 2011年11月22日 15:55 136M
chainMm10.sql 2012年10月21日 03:41 1.7K
chainMm10.txt.gz 2012年10月21日 03:41 57M
chainMm10Link.sql 2012年10月21日 03:39 1.5K
chainMm10Link.txt.gz 2012年10月21日 03:39 464M
chromAlias.sql 2016年09月15日 18:00 1.4K
chromAlias.txt.gz 2016年09月15日 18:00 91K
chromInfo.sql 2011年11月22日 15:52 1.3K
chromInfo.txt.gz 2011年11月22日 15:52 90K
ensGene.sql 2018年02月04日 08:25 1.9K
ensGene.txt.gz 2018年02月04日 08:25 2.2M
ensGtp.sql 2018年02月04日 08:25 1.4K
ensGtp.txt.gz 2018年02月04日 08:25 280K
ensPep.sql 2018年02月04日 08:24 1.3K
ensPep.txt.gz 2018年02月04日 08:24 6.0M
ensemblSource.sql 2018年02月04日 08:24 1.4K
ensemblSource.txt.gz 2018年02月04日 08:24 85K
ensemblToGeneName.sql 2018年02月04日 08:25 1.4K
ensemblToGeneName.txt.gz 2018年02月04日 08:25 154K
gap.sql 2011年11月22日 15:54 1.5K
gap.txt.gz 2011年11月22日 15:54 2.3M
gbLoaded.sql 2020年08月22日 13:34 1.6K
gbLoaded.txt.gz 2020年08月22日 13:34 15K
gc5BaseBw.sql 2011年11月22日 15:50 1.2K
gc5BaseBw.txt.gz 2011年11月22日 15:50 63
gold.sql 2011年11月22日 15:47 1.6K
gold.txt.gz 2011年11月22日 15:47 3.2M
grp.sql 2014年03月02日 04:14 1.3K
grp.txt.gz 2014年03月02日 04:14 208
hgFindSpec.sql 2024年03月02日 15:23 1.8K
hgFindSpec.txt.gz 2024年03月02日 15:23 723
history.sql 2011年11月22日 15:53 1.5K
history.txt.gz 2011年11月22日 15:53 433
microsat.sql 2015年08月23日 22:14 1.5K
microsat.txt.gz 2015年08月23日 22:14 320K
mrnaOrientInfo.sql 2020年08月22日 12:49 1.8K
mrnaOrientInfo.txt.gz 2020年08月22日 12:49 3.2K
nestedRepeats.sql 2011年11月22日 15:47 1.9K
nestedRepeats.txt.gz 2011年11月22日 15:47 16M
netGorGor3.sql 2011年11月22日 15:54 2.0K
netGorGor3.txt.gz 2011年11月22日 15:54 20M
netHg19.sql 2011年11月22日 15:52 2.0K
netHg19.txt.gz 2011年11月22日 15:52 16M
netMm10.sql 2012年10月21日 03:38 2.1K
netMm10.txt.gz 2012年10月21日 03:39 70M
rmsk.sql 2011年11月22日 15:53 1.8K
rmsk.txt.gz 2011年11月22日 15:53 128M
simpleRepeat.sql 2011年11月22日 15:51 1.9K
simpleRepeat.txt.gz 2011年11月22日 15:51 22M
tRNAs.sql 2012年04月16日 03:21 1.7K
tRNAs.txt.gz 2012年04月16日 03:21 10K
tableDescriptions.sql 2025年10月11日 09:09 1.5K
tableDescriptions.txt.gz 2025年10月11日 09:09 5.2K
tableList.sql 2025年10月12日 04:14 1.6K
tableList.txt.gz 2025年10月12日 04:14 2.3K
trackDb.sql 2024年03月02日 15:23 2.1K
trackDb.txt.gz 2024年03月02日 15:23 18K
xenoMrna.sql 2016年02月21日 20:37 2.1K
xenoMrna.txt.gz 2016年02月21日 20:37 301M
xenoRefFlat.sql 2020年08月22日 13:34 1.7K
xenoRefFlat.txt.gz 2020年08月22日 13:34 30M
xenoRefGene.sql 2020年08月22日 13:34 2.0K
xenoRefGene.txt.gz 2020年08月22日 13:34 33M
xenoRefSeqAli.sql 2020年08月22日 13:34 2.1K
xenoRefSeqAli.txt.gz 2020年08月22日 13:34 32M