This directory contains a dump of the UCSC genome annotation database for the Oct. 2004 assembly of the opossum genome (UCSC version monDom1) from the Broad Institute at MIT and Harvard. The directory is updated nightly. The .txt.gz files contain the database tables in a tab-delimited format compressed with gzip. The .sql files contain the MySQL commands used to create the tables. To see descriptions of the tables underlying Genome Browser annotation tracks, select the table in the Table Browser: http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables?db=monDom1 and click the "describe table schema" button. There is also a "view table schema" link on the configuration page for each track. If you plan to download a large file or multiple files from this directory, we recommend that you use ftp rather than downloading the files via our website. To do so, ftp to hgdownload.cse.ucsc.edu, then go to the directory goldenPath/monDom1/database. To download multiple files, use the "mget" command: mget <filename1> <filename2> ... - or - mget -a (to download all the files in the directory) All the tables in this directory are freely usable for any purpose. The opossum sequence is made freely available before scientific publication with the following understanding: 1. The data may be freely downloaded, used in analyses, and repackaged in databases. 2. Users are free to use the data in scientific papers analyzing particular genes and regions if the providers of these data (The Broad Institute) are properly acknowledged. 3. The centers producing the data reserve the right to publish the initial large-scale analyses of the data set, including large-scale identification of regions of evolutionary conservation and large-scale genomic assembly. Large-scale refers to regions with size on the order of a chromosome (that is, 30 Mb or more). 4. Any redistribution of the data should carry this notice.
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