Index of /goldenPath/cerSim1/database
This directory contains a dump of the UCSC genome annotation database for
the May 2012 (CerSimSim1.0/cerSim1) assembly of the white rhinoceros genome (cerSim1, Broad Institute).
The annotations were generated by UCSC and collaborators worldwide.
For more information about this assembly, please note the NCBI resources:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/11839
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/assembly/406328
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/74583
Files included in this directory (updated nightly):
- *.sql files: the MySQL commands used to create the tables
- *.txt.gz files: the database tables in a tab-delimited format
compressed with gzip.
To see descriptions of the tables underlying Genome Browser annotation
tracks, select the table in the Table Browser:
http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables?db=cerSim1
and click the "describe table schema" button. There is also a "view
table schema" link on the configuration page for each track.
---------------------------------------------------------------
If you plan to download a large file or multiple files from this
directory, we recommend you use ftp rather than downloading the files
via our website. To do so, ftp to hgdownload.cse.ucsc.edu, then go to
the directory goldenPath/cerSim1/database/. To download multiple
files, use the "mget" command:
mget <filename1> <filename2> ...
- or -
mget -a (to download all the files in the directory)
Alternate methods to ftp access.
Using an rsync command to download the entire directory:
rsync -avzP rsync://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/cerSim1/database/ .
For a single file, e.g. gc5BaseBw.txt.gz
rsync -avzP
rsync://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/cerSim1/database/gc5BaseBw.txt.gz .
Or with wget, all files:
wget --timestamping
'ftp://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/cerSim1/database/*'
With wget, a single file:
wget --timestamping
'ftp://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/cerSim1/database/gc5BaseBw.txt.gz'
-O gc5BaseBw.txt.gz
Please note that some files contents, such as this example gc5BaseBw.txt.gz,
will point to the data being hosted in another /gbdb/ location, which
refers to ftp://hgdownload.cse.ucsc.edu/gbdb/
To uncompress the *.txt.gz files:
gunzip <table>.txt.gz
The tables can be loaded directly from the .txt.gz compressed file.
It is not necessary to uncompress them to load into a database,
as shown in the example below.
To load one of the tables directly into your local mirror database,
for example the table chromInfo:
## create table from the sql definition
$ hgsql cerSim1 < chromInfo.sql
## load data from the txt.gz file
$ zcat chromInfo.txt.gz | hgsql cerSim1 --local-infile=1
-e 'LOAD DATA LOCAL INFILE "/dev/stdin" INTO TABLE chromInfo;'
-----------------------------------------------------------------------------
The White rhinoceros sequence is made freely available before scientific publication
with the following understanding:
1. The data may be freely downloaded, used in analyses, and repackaged in
databases.
2. Users are free to use the data in scientific papers analyzing particular
genes and regions if the provider of these data (The Broad Institute) is
properly acknowledged.
3. The center producing the data reserves the right to publish the initial
large-scale analyses of the data set, including large-scale identification
of regions of evolutionary conservation and large-scale genomic assembly.
Large-scale refers to regions with size on the order of a chromosome (that
is, 30 Mb or more).
4. Any redistribution of the data should carry this notice. 1. The data may
be freely downloaded, used in analyses, and repackaged in databases.
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GenBank Data Usage
The GenBank database is designed to provide and encourage access within
the scientific community to the most up to date and comprehensive DNA
sequence information. Therefore, NCBI places no restrictions on the use
or distribution of the GenBank data. However, some submitters may claim
patent, copyright, or other intellectual property rights in all or a
portion of the data they have submitted. NCBI is not in a position to
assess the validity of such claims, and therefore cannot provide comment
or unrestricted permission concerning the use, copying, or distribution
of the information contained in GenBank.
-----------------------------------------------------------------------------
All the files and tables in this directory are freely usable for any purpose.
Name Last modified Size Description
Parent Directory -
all_mrna.sql 2016年09月18日 07:26 2.1K
all_mrna.txt.gz 2016年09月18日 07:26 2.9K
augustusGene.sql 2015年07月26日 11:24 1.9K
augustusGene.txt.gz 2015年07月26日 11:24 2.6M
bigFiles.sql 2025年10月12日 04:16 1.4K
bigFiles.txt.gz 2025年10月12日 04:16 94
chainBosTau7.sql 2013年01月24日 15:44 1.7K
chainBosTau7.txt.gz 2013年01月24日 15:45 383M
chainBosTau7Link.sql 2013年01月24日 15:29 1.6K
chainBosTau7Link.txt.gz 2013年01月24日 15:32 1.7G
chainHg19.sql 2013年01月24日 15:39 1.7K
chainHg19.txt.gz 2013年01月24日 15:40 265M
chainHg19Link.sql 2013年01月24日 15:22 1.5K
chainHg19Link.txt.gz 2013年01月24日 15:24 1.0G
chainMm10.sql 2013年01月24日 15:21 1.7K
chainMm10.txt.gz 2013年01月24日 15:22 111M
chainMm10Link.sql 2013年01月24日 15:41 1.5K
chainMm10Link.txt.gz 2013年01月24日 15:42 647M
chainMonDom5.sql 2013年01月24日 15:52 1.7K
chainMonDom5.txt.gz 2013年01月24日 15:53 249M
chainMonDom5Link.sql 2013年01月24日 15:46 1.6K
chainMonDom5Link.txt.gz 2013年01月24日 15:48 1.0G
chromAlias.sql 2018年02月18日 05:47 1.4K
chromAlias.txt.gz 2018年02月18日 05:47 30K
chromInfo.sql 2013年01月24日 15:53 1.4K
chromInfo.txt.gz 2013年01月24日 15:53 15K
cpgIslandExt.sql 2013年01月24日 15:38 1.7K
cpgIslandExt.txt.gz 2013年01月24日 15:38 734K
cpgIslandExtUnmasked.sql 2014年06月01日 10:08 1.7K
cpgIslandExtUnmasked.txt.gz 2014年06月01日 10:08 780K
cytoBandIdeo.sql 2013年04月28日 12:00 1.5K
cytoBandIdeo.txt.gz 2013年04月28日 12:00 15K
extNcbiRefSeq.sql 2020年05月10日 03:26 1.4K
extNcbiRefSeq.txt.gz 2020年05月10日 03:26 90
gap.sql 2013年01月24日 15:54 1.6K
gap.txt.gz 2013年01月24日 15:54 765K
gbLoaded.sql 2020年08月18日 16:24 1.6K
gbLoaded.txt.gz 2020年08月18日 16:24 31K
gc5BaseBw.sql 2013年01月24日 15:40 1.3K
gc5BaseBw.txt.gz 2013年01月24日 15:40 63
genscan.sql 2013年01月24日 15:44 1.7K
genscan.txt.gz 2013年01月24日 15:44 3.1M
genscanSubopt.sql 2013年01月24日 15:46 1.6K
genscanSubopt.txt.gz 2013年01月24日 15:46 6.2M
gold.sql 2013年01月24日 15:53 1.7K
gold.txt.gz 2013年01月24日 15:53 1.0M
grp.sql 2014年03月02日 03:40 1.3K
grp.txt.gz 2014年03月02日 03:40 208
hgFindSpec.sql 2025年03月26日 16:05 1.8K
hgFindSpec.txt.gz 2025年03月26日 16:05 1.0K
history.sql 2013年01月24日 15:44 1.6K
history.txt.gz 2013年01月24日 15:44 507
microsat.sql 2015年08月23日 12:21 1.5K
microsat.txt.gz 2015年08月23日 12:21 175K
mrnaOrientInfo.sql 2016年09月18日 07:26 1.8K
mrnaOrientInfo.txt.gz 2016年09月18日 07:26 864
ncbiRefSeq.sql 2020年05月10日 03:26 1.9K
ncbiRefSeq.txt.gz 2020年05月10日 03:26 2.5M
ncbiRefSeqCds.sql 2020年05月10日 03:26 1.3K
ncbiRefSeqCds.txt.gz 2020年05月10日 03:26 226K
ncbiRefSeqCurated.sql 2020年05月10日 03:26 2.0K
ncbiRefSeqCurated.txt.gz 2020年05月10日 03:26 1.4K
ncbiRefSeqLink.sql 2020年05月10日 03:26 2.0K
ncbiRefSeqLink.txt.gz 2020年05月10日 03:26 1.1M
ncbiRefSeqOther.sql 2020年05月10日 03:26 1.3K
ncbiRefSeqOther.txt.gz 2020年05月10日 03:26 75
ncbiRefSeqPepTable.sql 2020年05月10日 03:26 1.4K
ncbiRefSeqPepTable.txt.gz 2020年05月10日 03:26 8.1M
ncbiRefSeqPredicted.sql 2020年05月10日 03:26 2.0K
ncbiRefSeqPredicted.txt.gz 2020年05月10日 03:26 2.5M
ncbiRefSeqPsl.sql 2020年05月10日 03:26 2.1K
ncbiRefSeqPsl.txt.gz 2020年05月10日 03:26 3.0M
nestedRepeats.sql 2013年01月24日 15:55 1.9K
nestedRepeats.txt.gz 2013年01月24日 15:55 11M
netBosTau7.sql 2013年01月24日 15:38 2.1K
netBosTau7.txt.gz 2013年01月24日 15:38 64M
netHg19.sql 2013年01月24日 15:52 2.1K
netHg19.txt.gz 2013年01月24日 15:52 54M
netMm10.sql 2013年01月24日 15:55 2.1K
netMm10.txt.gz 2013年01月24日 15:55 70M
netMonDom5.sql 2013年01月24日 15:40 2.1K
netMonDom5.txt.gz 2013年01月24日 15:40 25M
rmsk.sql 2013年01月24日 15:39 1.9K
rmsk.txt.gz 2013年01月24日 15:39 96M
seqNcbiRefSeq.sql 2020年05月10日 03:26 1.5K
seqNcbiRefSeq.txt.gz 2020年05月10日 03:26 558K
simpleRepeat.sql 2013年01月24日 15:39 1.9K
simpleRepeat.txt.gz 2013年01月24日 15:39 11M
tableDescriptions.sql 2025年10月11日 08:21 1.5K
tableDescriptions.txt.gz 2025年10月11日 08:21 6.1K
tableList.sql 2025年10月12日 04:16 1.6K
tableList.txt.gz 2025年10月12日 04:16 3.0K
trackDb.sql 2025年03月26日 16:05 2.1K
trackDb.txt.gz 2025年03月26日 16:05 46K
ucscToINSDC.sql 2013年09月15日 10:13 1.4K
ucscToINSDC.txt.gz 2013年09月15日 10:13 22K
ucscToRefSeq.sql 2018年02月18日 05:47 1.4K
ucscToRefSeq.txt.gz 2018年02月18日 05:47 23K
windowmaskerSdust.sql 2013年01月24日 15:54 1.5K
windowmaskerSdust.txt.gz 2013年01月24日 15:54 135M
xenoRefFlat.sql 2020年08月18日 16:24 1.7K
xenoRefFlat.txt.gz 2020年08月18日 16:24 30M
xenoRefGene.sql 2020年08月18日 16:24 2.0K
xenoRefGene.txt.gz 2020年08月18日 16:24 33M
xenoRefSeqAli.sql 2020年08月18日 16:24 2.1K
xenoRefSeqAli.txt.gz 2020年08月18日 16:24 35M