Index of /goldenPath/canFam6/database
This directory contains a dump of the UCSC genome annotation database for the
Oct. 2020 (Dog10K_Boxer_Tasha/canFam6) assembly of the dog genome
(canFam6, Dog Genome Sequencing Consortium) .
The annotations were generated by UCSC and collaborators worldwide.
For more information about this assembly, please note the NCBI resources:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/85
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/assembly/8227741
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/13179
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/biosample/SAMN02953603
Files included in this directory (updated nightly):
- *.sql files: the MySQL commands used to create the tables
- *.txt.gz files: the database tables in a tab-delimited format
compressed with gzip.
To see descriptions of the tables underlying Genome Browser annotation
tracks, select the table in the Table Browser:
http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables?db=canFam6
and click the "describe table schema" button. There is also a "view
table schema" link on the configuration page for each track.
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If you plan to download a large file or multiple files from this
directory, we recommend you use ftp rather than downloading the files
via our website. To do so, ftp to hgdownload.soe.ucsc.edu, then go to
the directory goldenPath/canFam6/database/. To download multiple
files, use the "mget" command:
mget <filename1> <filename2> ...
- or -
mget -a (to download all the files in the directory)
Alternate methods to ftp access.
Using an rsync command to download the entire directory:
rsync -avzP rsync://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/canFam6/database/ .
For a single file, e.g. gc5Base.txt.gz
rsync -avzP
rsync://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/canFam6/database/gc5Base.txt.gz .
Or with wget, all files:
wget --timestamping
'ftp://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/canFam6/database/*'
With wget, a single file:
wget --timestamping
'ftp://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/canFam6/database/gc5Base.txt.gz'
-O gc5Base.txt.gz
To uncompress the *.txt.gz files:
gunzip <table>.txt.gz
The tables can be loaded directly from the .txt.gz compressed file.
It is not necessary to uncompress them to load into a database,
as shown in the example below.
To load one of the tables directly into your local mirror database,
for example the table chromInfo:
## create table from the sql definition
$ hgsql canFam6 < chromInfo.sql
## load data from the txt.gz file
$ zcat chromInfo.txt.gz | hgsql canFam6 --local-infile=1
-e 'LOAD DATA LOCAL INFILE "/dev/stdin" INTO TABLE chromInfo;'
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GenBank Data Usage
The GenBank database is designed to provide and encourage access within
the scientific community to the most up to date and comprehensive DNA
sequence information. Therefore, NCBI places no restrictions on the use
or distribution of the GenBank data. However, some submitters may claim
patent, copyright, or other intellectual property rights in all or a
portion of the data they have submitted. NCBI is not in a position to
assess the validity of such claims, and therefore cannot provide comment
or unrestricted permission concerning the use, copying, or distribution
of the information contained in GenBank.
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All the files and tables in this directory are freely usable for any purpose.
Name Last modified Size Description
Parent Directory -
all_est.sql 2021年05月18日 12:15 2.1K
all_est.txt.gz 2021年05月18日 12:15 16M
all_mrna.sql 2021年05月18日 10:07 2.1K
all_mrna.txt.gz 2021年05月18日 10:07 221K
augustusGene.sql 2021年05月13日 13:41 2.0K
augustusGene.txt.gz 2021年05月13日 13:41 2.2M
bigFiles.sql 2025年10月12日 03:43 1.4K
bigFiles.txt.gz 2025年10月12日 03:43 119
chainHg38.sql 2021年05月18日 09:29 1.7K
chainHg38.txt.gz 2021年05月18日 09:29 211M
chainHg38Link.sql 2021年05月18日 09:37 1.6K
chainHg38Link.txt.gz 2021年05月18日 09:37 914M
chainMm10.sql 2021年05月18日 09:13 1.7K
chainMm10.txt.gz 2021年05月18日 09:13 55M
chainMm10Link.sql 2021年05月18日 09:17 1.6K
chainMm10Link.txt.gz 2021年05月18日 09:17 455M
chainMm39.sql 2021年05月18日 20:11 1.7K
chainMm39.txt.gz 2021年05月18日 20:11 48M
chainMm39Link.sql 2021年05月18日 20:14 1.6K
chainMm39Link.txt.gz 2021年05月18日 20:14 421M
chromAlias.sql 2021年05月13日 10:21 1.4K
chromAlias.txt.gz 2021年05月13日 10:21 2.2K
chromInfo.sql 2021年05月12日 11:40 1.4K
chromInfo.txt.gz 2021年05月12日 11:40 1.1K
cpgIslandExt.sql 2021年05月13日 10:40 1.7K
cpgIslandExt.txt.gz 2021年05月13日 10:40 1.0M
cpgIslandExtUnmasked.sql 2021年05月12日 15:00 1.7K
cpgIslandExtUnmasked.txt.gz 2021年05月12日 15:00 1.1M
crisprAllTargets.sql 2021年05月23日 08:52 1.3K
crisprAllTargets.txt.gz 2021年05月23日 08:52 69
cytoBandIdeo.sql 2021年05月13日 01:39 1.5K
cytoBandIdeo.txt.gz 2021年05月13日 01:39 1.0K
estOrientInfo.sql 2021年05月18日 12:15 1.8K
estOrientInfo.txt.gz 2021年05月18日 12:15 4.1M
extNcbiRefSeq.sql 2021年05月13日 11:16 1.5K
extNcbiRefSeq.txt.gz 2021年05月13日 11:16 91
gap.sql 2021年05月12日 11:40 1.6K
gap.txt.gz 2021年05月12日 11:40 13K
gc5BaseBw.sql 2021年05月12日 11:40 1.3K
gc5BaseBw.txt.gz 2021年05月12日 11:40 66
genscan.sql 2021年05月13日 11:26 1.7K
genscan.txt.gz 2021年05月13日 11:26 2.9M
gold.sql 2021年05月12日 11:40 1.7K
gold.txt.gz 2021年05月12日 11:40 22K
grp.sql 2021年05月12日 11:40 1.4K
grp.txt.gz 2021年05月12日 11:40 213
hgFindSpec.sql 2025年01月07日 21:03 1.8K
hgFindSpec.txt.gz 2025年01月07日 21:03 1.1K
history.sql 2021年05月23日 08:52 1.6K
history.txt.gz 2021年05月23日 08:52 959
intronEst.sql 2021年05月18日 12:15 2.1K
intronEst.txt.gz 2021年05月18日 12:15 8.7M
microsat.sql 2021年05月12日 16:58 1.5K
microsat.txt.gz 2021年05月12日 16:58 576K
mrnaOrientInfo.sql 2021年05月18日 12:15 1.8K
mrnaOrientInfo.txt.gz 2021年05月18日 12:15 87K
ncbiRefSeq.sql 2021年05月13日 11:14 2.0K
ncbiRefSeq.txt.gz 2021年05月13日 11:14 4.3M
ncbiRefSeqCds.sql 2021年05月13日 11:16 1.4K
ncbiRefSeqCds.txt.gz 2021年05月13日 11:16 433K
ncbiRefSeqCurated.sql 2021年05月13日 11:14 2.0K
ncbiRefSeqCurated.txt.gz 2021年05月13日 11:14 184K
ncbiRefSeqLink.sql 2021年05月13日 11:14 2.0K
ncbiRefSeqLink.txt.gz 2021年05月13日 11:14 2.4M
ncbiRefSeqOther.sql 2021年05月13日 11:16 1.3K
ncbiRefSeqOther.txt.gz 2021年05月13日 11:16 75
ncbiRefSeqPepTable.sql 2021年05月13日 11:16 1.4K
ncbiRefSeqPepTable.txt.gz 2021年05月13日 11:16 12M
ncbiRefSeqPredicted.sql 2021年05月13日 11:14 2.0K
ncbiRefSeqPredicted.txt.gz 2021年05月13日 11:14 4.1M
ncbiRefSeqPsl.sql 2021年05月13日 11:14 2.1K
ncbiRefSeqPsl.txt.gz 2021年05月13日 11:14 6.1M
nestedRepeats.sql 2021年05月12日 18:57 2.0K
nestedRepeats.txt.gz 2021年05月12日 18:57 14M
netHg38.sql 2021年05月18日 09:40 2.1K
netHg38.txt.gz 2021年05月18日 09:40 63M
netMm10.sql 2021年05月18日 09:20 2.1K
netMm10.txt.gz 2021年05月18日 09:20 58M
netMm39.sql 2021年05月18日 20:17 2.1K
netMm39.txt.gz 2021年05月18日 20:17 58M
refFlat.sql 2021年05月18日 10:35 1.7K
refFlat.txt.gz 2021年05月18日 10:35 165K
refGene.sql 2021年05月18日 10:35 1.9K
refGene.txt.gz 2021年05月18日 10:35 178K
refSeqAli.sql 2021年05月18日 10:36 2.1K
refSeqAli.txt.gz 2021年05月18日 10:36 185K
rmsk.sql 2021年05月12日 18:55 1.9K
rmsk.txt.gz 2021年05月12日 18:55 121M
seqNcbiRefSeq.sql 2021年05月13日 11:16 1.6K
seqNcbiRefSeq.txt.gz 2021年05月13日 11:16 1.4M
simpleRepeat.sql 2021年05月12日 15:31 1.9K
simpleRepeat.txt.gz 2021年05月12日 15:31 22M
tableDescriptions.sql 2025年10月11日 08:17 1.5K
tableDescriptions.txt.gz 2025年10月11日 08:17 5.9K
tableList.sql 2025年10月12日 03:43 1.6K
tableList.txt.gz 2025年10月12日 03:43 3.2K
trackDb.sql 2025年01月07日 21:03 2.1K
trackDb.txt.gz 2025年01月07日 21:03 40K
ucscToINSDC.sql 2021年05月13日 10:33 1.4K
ucscToINSDC.txt.gz 2021年05月13日 10:33 1.3K
ucscToRefSeq.sql 2021年05月13日 10:33 1.5K
ucscToRefSeq.txt.gz 2021年05月13日 10:33 1.3K
windowmaskerSdust.sql 2021年05月12日 18:25 1.5K
windowmaskerSdust.txt.gz 2021年05月12日 18:25 123M
xenoMrna.sql 2021年05月18日 10:08 2.1K
xenoMrna.txt.gz 2021年05月18日 10:08 218M
xenoRefFlat.sql 2021年05月18日 10:36 1.7K
xenoRefFlat.txt.gz 2021年05月18日 10:36 10M
xenoRefGene.sql 2021年05月18日 10:35 2.0K
xenoRefGene.txt.gz 2021年05月18日 10:35 11M
xenoRefSeqAli.sql 2021年05月18日 10:36 2.1K
xenoRefSeqAli.txt.gz 2021年05月18日 10:36 21M