Index of /goldenPath/bisBis1/database

This directory contains a dump of the UCSC genome annotation database for the
 Oct. 2014 (Bison_UMD1.0/bisBis1) assembly of the bison genome
 (bisBis1, U. Maryland) .
The annotations were generated by UCSC and collaborators worldwide.
For more information about this assembly, please note the NCBI resources:
 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/8907
 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/assembly/237421
 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/266339 
Files included in this directory (updated nightly):
 - *.sql files: the MySQL commands used to create the tables
 - *.txt.gz files: the database tables in a tab-delimited format
 compressed with gzip.
To see descriptions of the tables underlying Genome Browser annotation
tracks, select the table in the Table Browser:
 http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables?db=bisBis1
and click the "describe table schema" button. There is also a "view
table schema" link on the configuration page for each track.
---------------------------------------------------------------
If you plan to download a large file or multiple files from this
directory, we recommend you use ftp rather than downloading the files
via our website. To do so, ftp to hgdownload.cse.ucsc.edu, then go to
the directory goldenPath/bisBis1/database/. To download multiple
files, use the "mget" command:
 mget <filename1> <filename2> ...
 - or -
 mget -a (to download all the files in the directory)
Alternate methods to ftp access.
Using an rsync command to download the entire directory:
 rsync -avzP rsync://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/bisBis1/database/ .
For a single file, e.g. gc5BaseBw.txt.gz
 rsync -avzP 
 rsync://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/bisBis1/database/gc5BaseBw.txt.gz .
Or with wget, all files:
 wget --timestamping 
 'ftp://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/bisBis1/database/*'
With wget, a single file:
 wget --timestamping 
 'ftp://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/bisBis1/database/gc5BaseBw.txt.gz' 
 -O gc5BaseBw.txt.gz
Please note that some files contents, such as this example gc5BaseBw.txt.gz,
will point to the data being hosted in another /gbdb/ location, which
refers to ftp://hgdownload.cse.ucsc.edu/gbdb/
To uncompress the *.txt.gz files:
 gunzip <table>.txt.gz
The tables can be loaded directly from the .txt.gz compressed file.
It is not necessary to uncompress them to load into a database,
as shown in the example below.
To load one of the tables directly into your local mirror database,
for example the table chromInfo:
## create table from the sql definition
$ hgsql bisBis1 < chromInfo.sql
## load data from the txt.gz file
$ zcat chromInfo.txt.gz | hgsql bisBis1 --local-infile=1 
 -e 'LOAD DATA LOCAL INFILE "/dev/stdin" INTO TABLE chromInfo;'
-----------------------------------------------------------------------------
GenBank Data Usage
The GenBank database is designed to provide and encourage access within
the scientific community to the most up to date and comprehensive DNA
sequence information. Therefore, NCBI places no restrictions on the use
or distribution of the GenBank data. However, some submitters may claim
patent, copyright, or other intellectual property rights in all or a
portion of the data they have submitted. NCBI is not in a position to
assess the validity of such claims, and therefore cannot provide comment
or unrestricted permission concerning the use, copying, or distribution
of the information contained in GenBank.
-----------------------------------------------------------------------------
All the files and tables in this directory are freely usable for any purpose.

 Name Last modified Size Description 
 Parent Directory - 
 augustusGene.sql 2017年04月07日 11:44 1.9K 
 augustusGene.txt.gz 2017年04月07日 11:44 2.2M 
 author.sql 2017年04月07日 11:44 1.4K 
 author.txt.gz 2017年04月07日 11:44 4.2M 
 bigFiles.sql 2025年10月12日 03:45 1.4K 
 bigFiles.txt.gz 2025年10月12日 03:45 69 
 cds.sql 2017年04月07日 11:44 1.4K 
 cds.txt.gz 2017年04月07日 11:44 2.1M 
 cell.sql 2017年04月07日 11:45 1.4K 
 cell.txt.gz 2017年04月07日 11:45 40 
 chainHg38.sql 2017年04月07日 11:45 1.7K 
 chainHg38.txt.gz 2017年04月07日 11:48 315M 
 chainHg38Link.sql 2017年04月07日 11:57 1.5K 
 chainHg38Link.txt.gz 2017年04月07日 12:10 1.0G 
 chainMm10.sql 2017年04月07日 13:06 1.7K 
 chainMm10.txt.gz 2017年04月07日 13:07 70M 
 chainMm10Link.sql 2017年04月07日 13:09 1.5K 
 chainMm10Link.txt.gz 2017年04月07日 13:15 477M 
 chromAlias.sql 2020年04月12日 03:25 1.4K 
 chromAlias.txt.gz 2020年04月12日 03:25 3.0M 
 chromInfo.sql 2017年04月07日 13:38 1.4K 
 chromInfo.txt.gz 2017年04月07日 13:38 1.8M 
 cpgIslandExt.sql 2017年04月07日 13:38 1.7K 
 cpgIslandExt.txt.gz 2017年04月07日 13:38 887K 
 cpgIslandExtUnmasked.sql 2017年04月07日 13:38 1.7K 
 cpgIslandExtUnmasked.txt.gz 2017年04月07日 13:38 1.6M 
 cytoBandIdeo.sql 2017年04月07日 13:38 1.5K 
 cytoBandIdeo.txt.gz 2017年04月07日 13:39 1.9M 
 description.sql 2017年04月07日 13:39 1.4K 
 description.txt.gz 2017年04月07日 13:39 13M 
 development.sql 2017年04月07日 13:39 1.4K 
 development.txt.gz 2017年04月07日 13:39 63 
 ensGene.sql 2021年05月25日 14:19 1.9K 
 ensGene.txt.gz 2021年05月25日 14:19 2.2M 
 ensGtp.sql 2021年05月25日 14:19 1.4K 
 ensGtp.txt.gz 2021年05月25日 14:19 341K 
 ensPep.sql 2021年05月25日 14:21 1.3K 
 ensPep.txt.gz 2021年05月25日 14:21 6.3M 
 ensemblSource.sql 2021年05月25日 14:21 1.4K 
 ensemblSource.txt.gz 2021年05月25日 14:21 96K 
 ensemblToGeneName.sql 2021年05月25日 14:19 1.4K 
 ensemblToGeneName.txt.gz 2021年05月25日 14:19 142K 
 gap.sql 2017年04月07日 13:43 1.6K 
 gap.txt.gz 2017年04月07日 13:43 3.9M 
 gbCdnaInfo.sql 2017年04月07日 13:43 2.6K 
 gbCdnaInfo.txt.gz 2017年04月07日 13:43 9.4M 
 gbExtFile.sql 2017年04月07日 13:46 1.4K 
 gbExtFile.txt.gz 2017年04月07日 13:46 11K 
 gbLoaded.sql 2017年04月07日 11:44 1.6K 
 gbLoaded.txt.gz 2017年04月07日 11:44 2.3K 
 gbMiscDiff.sql 2017年04月07日 13:46 1.5K 
 gbMiscDiff.txt.gz 2017年04月07日 13:46 1.5K 
 gbSeq.sql 2017年04月07日 13:46 1.7K 
 gbSeq.txt.gz 2017年04月07日 13:46 13M 
 gbStatus.sql 2017年04月07日 13:47 1.9K 
 gbStatus.txt.gz 2017年04月07日 13:47 3.9M 
 gbWarn.sql 2017年04月07日 11:57 1.3K 
 gbWarn.txt.gz 2017年04月07日 11:57 31 
 gc5BaseBw.sql 2017年04月07日 13:09 1.3K 
 gc5BaseBw.txt.gz 2017年04月07日 13:09 66 
 geneName.sql 2017年04月07日 13:37 1.4K 
 geneName.txt.gz 2017年04月07日 13:37 2.8M 
 genscan.sql 2017年04月07日 13:38 1.7K 
 genscan.txt.gz 2017年04月07日 13:38 3.1M 
 gold.sql 2017年04月07日 13:38 1.7K 
 gold.txt.gz 2017年04月07日 13:38 9.5M 
 grp.sql 2017年04月07日 13:39 1.3K 
 grp.txt.gz 2017年04月07日 13:39 213 
 hgFindSpec.sql 2025年06月11日 11:58 1.8K 
 hgFindSpec.txt.gz 2025年06月11日 11:58 885 
 history.sql 2017年04月07日 13:43 1.6K 
 history.txt.gz 2017年04月07日 13:43 573 
 imageClone.sql 2017年04月07日 13:46 1.5K 
 imageClone.txt.gz 2017年04月07日 13:46 35 
 keyword.sql 2017年04月07日 11:44 1.4K 
 keyword.txt.gz 2017年04月07日 11:44 750 
 library.sql 2017年04月07日 11:44 1.4K 
 library.txt.gz 2017年04月07日 11:44 43 
 microsat.sql 2017年04月07日 11:45 1.5K 
 microsat.txt.gz 2017年04月07日 11:45 193K 
 mrnaClone.sql 2017年04月07日 11:45 1.4K 
 mrnaClone.txt.gz 2017年04月07日 11:45 1.4K 
 mrnaOrientInfo.sql 2017年04月07日 13:06 1.8K 
 mrnaOrientInfo.txt.gz 2017年04月07日 13:06 84 
 nestedRepeats.sql 2017年04月07日 13:37 1.9K 
 nestedRepeats.txt.gz 2017年04月07日 13:37 14M 
 netHg38.sql 2017年04月07日 13:39 2.1K 
 netHg38.txt.gz 2017年04月07日 13:41 68M 
 netMm10.sql 2017年04月07日 13:43 2.1K 
 netMm10.txt.gz 2017年04月07日 13:45 55M 
 organism.sql 2017年04月07日 13:46 1.4K 
 organism.txt.gz 2017年04月07日 13:46 307K 
 productName.sql 2017年04月07日 13:47 1.4K 
 productName.txt.gz 2017年04月07日 13:47 3.6M 
 refFlat.sql 2017年04月07日 13:38 1.7K 
 refFlat.txt.gz 2017年04月07日 13:38 93 
 refGene.sql 2017年04月07日 13:47 1.9K 
 refGene.txt.gz 2017年04月07日 13:47 106 
 refLink.sql 2017年04月07日 13:47 1.7K 
 refLink.txt.gz 2017年04月07日 13:47 11M 
 refSeqAli.sql 2017年04月07日 13:47 2.1K 
 refSeqAli.txt.gz 2017年04月07日 13:47 103 
 refSeqStatus.sql 2017年04月07日 13:47 1.6K 
 refSeqStatus.txt.gz 2017年04月07日 13:47 1.5M 
 refSeqSummary.sql 2017年04月07日 13:48 1.5K 
 refSeqSummary.txt.gz 2017年04月07日 13:48 5.2M 
 rmsk.sql 2017年04月07日 13:48 1.9K 
 rmsk.txt.gz 2017年04月07日 13:50 148M 
 sex.sql 2017年04月07日 13:55 1.4K 
 sex.txt.gz 2017年04月07日 13:55 39 
 simpleRepeat.sql 2017年04月07日 13:55 1.9K 
 simpleRepeat.txt.gz 2017年04月07日 13:55 13M 
 source.sql 2017年04月07日 13:56 1.4K 
 source.txt.gz 2017年04月07日 13:56 312K 
 tableDescriptions.sql 2025年10月11日 08:07 1.5K 
 tableDescriptions.txt.gz 2025年10月11日 08:07 7.4K 
 tableList.sql 2025年10月12日 03:45 1.6K 
 tableList.txt.gz 2025年10月12日 03:45 3.4K 
 tissue.sql 2017年04月07日 13:56 1.4K 
 tissue.txt.gz 2017年04月07日 13:56 243 
 trackDb.sql 2025年06月11日 11:58 2.1K 
 trackDb.txt.gz 2025年06月11日 11:58 53K 
 ucscToINSDC.sql 2017年04月07日 13:56 1.4K 
 ucscToINSDC.txt.gz 2017年04月07日 13:56 2.9M 
 ucscToRefSeq.sql 2017年04月07日 13:56 1.4K 
 ucscToRefSeq.txt.gz 2017年04月07日 13:56 900K 
 windowmaskerSdust.sql 2017年04月07日 13:56 1.5K 
 windowmaskerSdust.txt.gz 2017年04月07日 13:57 128M 
 xenoRefFlat.sql 2017年04月07日 14:02 1.7K 
 xenoRefFlat.txt.gz 2017年04月07日 14:02 30M 
 xenoRefGene.sql 2017年04月07日 14:03 1.9K 
 xenoRefGene.txt.gz 2017年04月07日 14:03 33M 
 xenoRefSeqAli.sql 2017年04月07日 14:04 2.1K 
 xenoRefSeqAli.txt.gz 2017年04月07日 14:04 30M