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生命科学系データベースアーカイブ

TMFunction

TMFunctionデータ

データ説明

info データ名 TMFunctionデータ
info DOI
info データ内容の説明

TMFunctionは、α-ヘリックス及びβ-バレル型膜タンパク質に含まれる機能的残基のデータベースです。各タンパク質の名称と由来はUniProtで同定していますが、PDBとも関連づけられるものは、そのIDを示しています。このデータベースには様々な実験手法やパラメータ(例えば、"affinity", "dissociation constant", "IC50", "activity"など)が含まれています。また、タンパク質中の各残基(またはその変異)には、計算または実験によって得られた数値が付与されています。このデータベースで用いた実験データは、ジャーナルの調査及びPubMedのキーワード検索によって得られた文献から収集したものです。さらに完全な参照情報(ジャーナルの引用とPubMed ID)も、このデータベースには含まれています。

info データファイル
データファイル名:
tmfunction.zip
ファイルサイズ:
48.5 KB
info 簡易検索URL
info データ取得方法

UniProt, PDB, PubMed

info 解析方法 -
info データ件数

2,907 件

データ詳細

項目名項目の説明
Entry エントリ番号
Residue(mutation) 変異のある残基の名称
Residue 残基の名称
Functionally important 機能的に重要か否か
Function of the protein タンパク質の機能
Location 残基の位置するタンパク質の部位
Protein Name(abbreviation) タンパク質名(略称)
Source(scientific name) タンパク質の由来(学名)
Source(english name) タンパク質の由来(一般名)
Authors 文献の著者
Journal Reference 雑誌名/掲載年月/号
PMID 文献のPubMed ID
Experiments 実験名
Experimental data この項目の値に「Parameter」を付けたものが、実験による測定値を表す
Parameter 実験パラメータ
Methods/conditions 実験手法・条件
PDB ID タンパク質立体構造のPDB ID
ASA 溶媒露出表面積
Sec. Str タンパク質の二次構造
  • G: 3-10ヘリックス
  • H: ヘリックス
  • L: ループ
Uniprot ID アミノ酸配列のUniProt ID
Type タンパク質のタイプ
Remarks 所見
Keywords キーワード

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