• Merge everything into one big CSS file while preserving header comments (.user.css header)
• Transform image files into data URIs inside CSS variables
• Include some files (or parts of files) inside specifically formatted .user.css comments which consist of instructions which can contain CSS parts inside JSON or something weirder - вообще не понял, что тут хотят), ну допустим sson
• Transform RegEdit .reg file with binary data into several sets of CSS variables containing RGB data
• Produce optimized image files for border-image properties from that RGB data and put them into Data URIs too - см. пп.2
• Having some way to deal with uploading to userstyles.org and updating its style settings would be nice. - любой http-client, у них ведь есть API?

Вам по хорошему не нужны комменты, достаточно конкатенации директив userscript в начало скрипта. Сохранять можно всё, что угодно, там есть шаблонная интерполяция: #{"/*.....*/"}

И я решительно не понимаю, о каких таких "билд системах" идёт речь. Зачем они вам нужны? скрипта build.js вам не хватит? Ну хотите, gulp прикрутите, или webpack.