| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | Spartak Moskva, Russland | Spartak Moskva | 30 | 22 | 3 | 5 | 46:27 | 19 | 69 |
| 2 | CSKA Moskva, Russland | CSKA Moskva | 30 | 18 | 8 | 4 | 47:15 | 32 | 62 |
| 3 | Zenit St. Petersburg, Russland | Zenit St. Petersburg | 30 | 18 | 7 | 5 | 50:19 | 31 | 61 |
| 4 | FK Krasnodar, Russland | FK Krasnodar | 30 | 12 | 13 | 5 | 40:22 | 18 | 49 |
| 5 | Terek Grozny, Russland | Terek Grozny | 30 | 14 | 6 | 10 | 38:35 | 3 | 48 |
| 6 | FK Rostov, Russland | FK Rostov | 30 | 13 | 9 | 8 | 36:18 | 18 | 48 |
| 7 | FK Ufa, Russland | FK Ufa | 30 | 12 | 7 | 11 | 22:25 | -3 | 43 |
| 8 | Lokomotiv Moskva, Russland | Lokomotiv Moskva | 30 | 10 | 12 | 8 | 39:27 | 12 | 42 |
| 9 | Rubin Kazan, Russland | Rubin Kazan | 30 | 10 | 8 | 12 | 30:34 | -4 | 38 |
| 10 | FK Amkar Perm, Russland | FK Amkar Perm | 30 | 8 | 11 | 11 | 25:29 | -4 | 35 |
| 11 | FK Ural, Russland | FK Ural | 30 | 8 | 6 | 16 | 24:44 | -20 | 30 |
| 12 | Anzhi Makhachkala, Russland | Anzhi Makhachkala | 30 | 7 | 9 | 14 | 24:38 | -14 | 30 |
| 13 | FK Orenburg, Russland | FK Orenburg | 30 | 7 | 9 | 14 | 25:36 | -11 | 30 |
| 14 | Arsenal Tula, Russland | Arsenal Tula | 30 | 7 | 7 | 16 | 18:40 | -22 | 28 |
| 15 | Krylia Sovetov, Russland | Krylia Sovetov | 30 | 6 | 10 | 14 | 31:39 | -8 | 28 |
| 16 | FK Tom Tomsk, Russland | FK Tom Tomsk | 30 | 3 | 5 | 22 | 17:64 | -47 | 14 |
# Lokomotiv Moskva qualifizierte sich als Pokalsieger 2017 für die Europa League 2017/2018.