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海外関係機関

• 国際学士院連合(International Union of Academies)
• ロンドン王立協会(Royal Society of London)
• 英国学士院(The British Academy)
• ルーマニアアカデミー(Romanian Academy)
• ハンガリー科学アカデミー(Hungarian Academy of Sciences)
• スウェーデン王立科学アカデミー(Royal Swedish Academy of Sciences)
• ブルガリア科学アカデミー(Bulgarian Academy of Sciences)
• フランス科学アカデミー(Academy of Sciences, Institute of France)
• カナダ王立協会(Royal Society of Canada)
• 大韓民国学術院(The National Academy of Sciences, Republic of Korea)
• ドイツ自然科学・人文科学アカデミー連合(Union of the German Academies of Sciences and Humanities)
• リンチェイ・アカデミー(イタリア)(Accademia Nazionale dei Lincei)

政府関係機関

• 文部科学省
• 日本学術会議
• 宮内庁
• 日本芸術院

事業関係機関

• 科学技術振興機構
• 国立情報学研究所
• 東京大学史料編纂所
• 日本学術振興会
• ラテン語用例辞典編纂事業(Thesaurus Linguae Latinae)

近隣機関

• 上野動物園
• 上野の森美術館
• 国際子ども図書館
• 国立科学博物館
• 国立西洋美術館
• 台東区役所(上野の山文化ゾーン)
• 東京芸術大学
• 東京国立博物館
• 東京都美術館
• 東京文化会館