Databases

研究者向けデータベース

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理研IMSは、個人情報の秘匿性とサイエンスにおけるOpennessという双方の重要性を認識し、他機関と協力しながら、人類の健康・疾患克服のために貢献していきます

  • IMSが公開・登録したヒトゲノム解析データの一覧

    IMSが公開しているヒトゲノムデータや要約統計量データの一覧

  • Reference Database of Immune Cells (RefDIC)

    免疫細胞や免疫組織に特化した免疫 ゲノミクスデータベース(英語)

  • ZENBU

    RNAseq、ChipSeq、CAGEおよびその他のタイプの次世代シーケンスタグ(NGS)ベースのデータ用に強化されたデータを統合し、データ分析のために視覚化されたシステム(英語)

  • FANTOM

    FANTOMプロジェクトで構築された各種データベースのポータルサイト(英語)

  • refTSS

    ヒト・マウスを対象とした転写開始点のリファレンスデータ(英語)

  • SCPortalen

    一細胞RNA-Seq公開データを対象とした最新QCならびに基本的なデータ解析処理結果をまとめたデータリポジトリ(英語)

ソフトウェア

  • MENTR

    DNA配列を入力として、非コードRNAの発現レベルを細胞種ごとに予測

  • MOPLINE

    Short read全ゲノムシーケンスデータを用いて構造多型を高い精度で同定するツール

  • scDeepInsight

    シングルセルRNA-seqデータから細胞種を同定するツール

  • DeepInsight-3D

    DNA配列を入力として、非コードRNAの発現レベルを細胞種ごとに予測

  • DeepFeature

    Short read全ゲノムシーケンスデータを用いて構造多型を高い精度で同定するツール

  • DeepInsight

    シングルセルRNA-seqデータから細胞種を同定するツール

Protocol

  • CAGE

    プロモーターごとの遺伝子発現をゲノムワイドに調べる方法

  • SINEUPs

    任意の標的mRNAからのタンパク質翻訳を促進することができるツール(英語)