ページ番号やヘッダ・フッタの設定において、奇数・偶数ページで別の設定が有効になるようにしている場合^*1、文書の途中でページスタイル(中扉/奥付を含む)を挿入すると、以降のページで奇数・偶数ページによる設定が逆になってしまうことがあります。

*1[書式-文書スタイル]で、[ページ/ヘッダ・フッタ]シートにある[ページ番号]、[ヘッダ・フッタ]で[振り分け]を チェックボックスオン にしている場合や、[ファイル-文書スタイル-ヘッダ・フッタ]で、[奇数ページと偶数ページで異なるヘッダ・フッタを表示する]や[偶数ページで左右を逆に表示する]を チェックボックスオン にしている場合が該当します。

一太郎では、ページスタイルの設定が開始されたページと、ページスタイルが終わった次のページは、常に奇数ページの扱いとなる仕様です。このため、ページスタイルを挿入した状況によっては、それ以降のページで実際の奇数・偶数とは逆の扱いで、ページ番号やヘッダ・フッタの処理が行われます。

【例】
文書途中のある奇数ページ 1ページ分にページスタイルを設定した場合、その次ページ(ページスタイルが設定されていない)は偶数ページですが、奇数ページ用のページ番号やヘッダ・フッタが設定されます。

申し訳ありませんが、この動作については設定変更ができません。こうした状況が発生する場合は、ページスタイルを使わずに、文書をレイアウトしたり、[書式-段落属性]または[書式-文字・段落スタイル]の設定で代用するなどして対処するようにしてください。