本総括班は、「ゲノム情報科学の新展開」(略称:ゲノム情報科学)を有機的かつ円滑に運営し、研究、を効率良く進めるとともに、バイオインフォマティクスの推進を図るために設けられた。また、国内の関連プロジェクトやセンターとの連絡調整機能も果たす。本特定領域の設置期間である平成12年度から平成16年度中に開催した班会議や公開シンポジウムの中で主なものを以下に示す。
・国際オントロジーワークショップ(3回:日本2回、ドイツ1回)
・ゲノム特定4領域合同班会議(5回:東京1回、神戸3回、福岡1回)
・ゲノムひろば(8回:東京2回、福岡3回、京都3回)
・ゲノム情報国際会議(5回:東京3回、横浜2回)
・公開ワークショップGenProc(4回:東京)
この他に、科学技術振興機構(JST)バイオインフォマティクス推進センターと共催で、ゲノムリテラシー講座(20回)を開催した。また、ゲノム研究を一般向けに紹介するDVDを教育関係者等に配布した。これらの活動と並行して、ゲノム情報科学の人材養成、人材発掘を目的としてバイオインフォマティクスプログラミングコンテストを計3回催した。また、ゲノム情報科学を始めとするゲノム特定4領域の成果であるデータベースや解析ソフトウェアの一覧をインターネット上で公開した。さらに、研究成果公開のためのサーバの整備を行った。
研究の推進と関係者の情報交換を図るために総括班に設けている「オントロジー整備委員会」、「ソフトウェア高速化および共有化委員会」、「タンパク質高次構造に関する情報流通・予測評価委員会」では、それぞれ、情報抽出やオントロジー構築のためのリソース整備、バイオ研究のためのグリッドコンピューティングの環境整備と利用技術開発、タンパク質高次構造からのゲノム機能解明、などについて講演、討論、情報交換などを行った。