リプレッサータンパク質の他の例としては、[[メチオニン]]リプレッサーMetJがある。MetJはリボン-ヘリックス-ヘリックス(RHH)モチーフを介してDNAと相互作用する<ref name=":2">{{cite journal|last1=Somers & Phillips|date=1992|title=Crystal structure of the met repressor-operator complex at 2.8 A resolution reveals DNA recognition by beta-strands.|journal=Nature|volume=359|issue=6394|pages=387–393|doi=10.1038/359387a0|pmid=1406951|s2cid=29799322}}</ref>。MetJは2つの単量体から構成されるホモ二量体である。各単量体の[[Βシート|βリボン]]は共に逆平行βシートを形成し、Met boxと呼ばれるオペレーター配列にDNAの主溝側から結合する。結合したMetJ二量体は、オペレーター配列の相補鎖に結合した他のMetJ二量体と[[αヘリックス]]を介して相互作用する。
Met boxはAGACGTCTからなる[[回文配列]]で、DNAのどちらの鎖でも同じ配列が認識される。Met boxの中央に位置するCとGの間の接合部にはピリミジン-プリンステップが含まれており、[[ホスホジエステル結合|ホスホジエステル]]骨格が屈曲して正の[[DNA超らせん|超らせん]]が形成される。タンパク質は、DNA二重らせんの形状がタンパク質の形状に沿うことで、認識部位を確認する。言い換えると、タンパク質は特定の塩基配列を認識するのではなく、DNAの構造パラメータを間接的に読み取ることで認識が行われる。
アラビノースもAraCも存在しない場合、ループ形成は開始されないが構造遺伝子の発現は低い状態である。アラビノースは存在しないがAraCが存在する場合、AraCは二量体を形成して''araO<sub>2</sub>''と''araI<sub>1</sub>''に結合し、ループ形成によって''araO<sub>2</sub>''と''araI<sub>1</sub>''を近接させる<ref name=":3">{{Cite journal|last1=Harmer|first1=Tara|last2=Wu|first2=Martin|last3=Schleif|first3=Robert|date=2001年01月16日|title=The role of rigidity in DNA looping-unlooping by AraC|url=https://www.pnas.org/content/98/2/427|journal=Proceedings of the National Academy of Sciences|volume=98|issue=2|pages=427–431|language=en|bibcode=2001PNAS...98..427H|doi=10.1073/pnas.98.2.427|issn=0027-8424|pmid=11209047|pmc=14602}}</ref>。アラビノースとAraCの双方が存在する場合、AraCはアラビノースと結合し、[[アクチベーター]]として機能する。AraCはアラビノースの結合に伴うコンフォメーション変化によってループを形成することができなくなり、線形となった遺伝子領域は''araBAD''領域へのRNAポリメラーゼのリクルートを促進する<ref name="Voet, Donald, 2011" />。
{{main|{{仮リンク|Flowering Locus C|en|Flowering Locus C}}}}
[[シロイヌナズナ]]''Arabidopsis thaliana''の''Flowering Locus C''(''FLC'')オペロンは、[[開花]]のための[[メリステム]]の発達に必要な遺伝子を抑制することで、開花を負に制御している。''FLC''の発現は[https://www.uniprot.org/uniprot/P0DH90 FRIGIDA]の存在によって調節されていることが示されており、温度の低下と負に相関して[[春化]]を防いでいる<ref name=":4">{{Cite journal|last1=Shindo|first1=Chikako|last2=Aranzana|first2=Maria Jose|last3=Lister|first3=Clare|last4=Baxter|first4=Catherine|last5=Nicholls|first5=Colin|last6=Nordborg|first6=Magnus|last7=Dean|first7=Caroline|date=June 2005|title=Role of FRIGIDA and FLOWERING LOCUS C in Determining Variation in Flowering Time of Arabidopsis|journal=Plant Physiology|volume=138|issue=2|pages=1163–1173|doi=10.1104/pp.105.061309|issn=0032-0889|pmid=15908596|pmc=1150429}}</ref>。発現低下の程度は、季節の進行に伴う温度や露光時間の変化に依存している。''FLC''の発現がダウンレギュレーションされると、開花の可能性が出てくる。''FLC''の発現調節には、遺伝的な要因と{{仮リンク|ヒストンのメチル化|en|Histone methylation}}や[[DNAメチル化]]などの[[エピジェネティック]]な要因が関係している<ref name=":5">{{Cite journal|last1=Johanson|first1=U.|last2=West|first2=J.|last3=Lister|first3=C.|last4=Michaels|first4=S.|last5=Amasino|first5=R.|last6=Dean|first6=C.|date=2000年10月13日|title=Molecular analysis of FRIGIDA, a major determinant of natural variation in Arabidopsis flowering time|url=https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/11030654/|journal=Science|volume=290|issue=5490|pages=344–347|bibcode=2000Sci...290..344J|doi=10.1126/science.290.5490.344|issn=0036-8075|pmid=11030654}}</ref>。さらに、''FLC''遺伝子の負の転写因子として働くコファクターとなる遺伝子も多数存在する<ref name=":6">{{Cite journal|last1=Finnegan|first1=E. Jean|last2=Kovac|first2=Kathryn A.|last3=Jaligot|first3=Estelle|last4=Sheldon|first4=Candice C.|last5=Peacock|first5=W. James|last6=Dennis|first6=Elizabeth S.|date=2005|title=The downregulation of FLOWERING LOCUS C (FLC) expression in plants with low levels of DNA methylation and by vernalization occurs by distinct mechanisms|url=https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1111/j.1365-313X.2005.02541.x|journal=The Plant Journal|volume=44|issue=3|pages=420–432|language=en|doi=10.1111/j.1365-313X.2005.02541.x|issn=1365-313X|pmid=16236152|doi-access=free}}</ref>。また、''FLC''遺伝子には種を超えて多数の相同な遺伝子が存在し、さまざまな気候での適応を可能にしている<ref name=":7">{{Cite journal|last1=Sharma|first1=Neha|last2=Ruelens|first2=Philip|last3=D'hauw|first3=Mariëlla|last4=Maggen|first4=Thomas|last5=Dochy|first5=Niklas|last6=Torfs|first6=Sanne|last7=Kaufmann|first7=Kerstin|last8=Rohde|first8=Antje|last9=Geuten|first9=Koen|date=February 2017|title=A Flowering Locus C Homolog Is a Vernalization-Regulated Repressor in Brachypodium and Is Cold Regulated in Wheat1[OPEN]|journal=Plant Physiology|volume=173|issue=2|pages=1301–1315|doi=10.1104/pp.16.01161|issn=0032-0889|pmid=28034954|pmc=5291021}}</ref>。
Met boxはAGACGTCTからなる回文配列で、DNAのどちらの鎖でも同じ配列が認識される。Met boxの中央に位置するCとGの間の接合部にはピリミジン-プリンステップが含まれており、ホスホジエステル骨格が屈曲して正の超らせんが形成される。タンパク質は、DNA二重らせんの形状がタンパク質の形状に沿うことで、認識部位を確認する。言い換えると、タンパク質は特定の塩基配列を認識するのではなく、DNAの構造パラメータを間接的に読み取ることで認識が行われる。
シロイヌナズナArabidopsis thalianaのFlowering Locus C(FLC)オペロンは、開花のためのメリステムの発達に必要な遺伝子を抑制することで、開花を負に制御している。FLCの発現はFRIGIDAの存在によって調節されていることが示されており、温度の低下と負に相関して春化を防いでいる[5]。発現低下の程度は、季節の進行に伴う温度や露光時間の変化に依存している。FLCの発現がダウンレギュレーションされると、開花の可能性が出てくる。FLCの発現調節には、遺伝的な要因とヒストンのメチル化(英語版)やDNAメチル化などのエピジェネティックな要因が関係している[6]。さらに、FLC遺伝子の負の転写因子として働くコファクターとなる遺伝子も多数存在する[7]。また、FLC遺伝子には種を超えて多数の相同な遺伝子が存在し、さまざまな気候での適応を可能にしている[8]。
^Somers & Phillips (1992). "Crystal structure of the met repressor-operator complex at 2.8 A resolution reveals DNA recognition by beta-strands.". Nature359 (6394): 387–393. doi:10.1038/359387a0. PMID1406951.