Mutant Panel

2023年06月27日

Web Site: https://tos.nias.affrc.go.jp/

イネの内在性レトロトランスポゾンTos17を転移させて作製した挿入変異系統のデータベース

README 目次

1. ダウンロードデータの構成
2. ダウンロードデータの説明
3. 本データベースの利用許諾
4. 更新履歴
5. 参考文献
6. 連絡先

1. ダウンロードデータの構成

1. README
2. plant
3. def_phenotype
4. phenotype
5. seq
6. tos17_insertion
7. flanking
8. photograph

2. ダウンロードデータの説明

2.1 README

データ名	README
データ内容	「Mutant Panel」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。
ダウンロードファイル名	README.html (日本語)

2.2 plant

データ名	plant
データ内容の説明	系統の表現型を記載しています。
データファイル	tos17_plant.csv.zip (1.4 MB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。

項目名	項目の説明
plant	系統名
sub	個体番号
date	観察日
image	画像ファイル名
comment_j	日本語の表現型観察結果
comment_e	英語の表現型観察結果
phenotype	表現型分類

2.3 def_phenotype

データ名	def_phenotype
データ内容の説明	表現型の定義です。
データファイル	tos17_def_phenotype.csv.zip (1.4 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。

項目名	項目の説明
id	表現型のID
category_j	日本語の分類
category_e	英語の分類
description_j	日本語の表現型名
description_e	英語の表現型名
comment	備考

2.4 phenotype

データ名	phenotype
データ内容の説明	表現型を示した系統のリスト
データファイル	tos17_phenotype.csv.zip (213 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。

項目名	項目の説明
id	表現型ID
name	系統名

2.5 seq

データ名	seq
データ内容の説明	塩基配列名、系統名、アクセッション番号を整理した表です。
データファイル	tos17_seq.csv.zip (550 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。

項目名	項目の説明
Sequence Name	塩基配列名
Line Name	系統名
Accession	アクセッション番号

2.6 tos17_insertion

データ名	tos17_insertion
データ内容の説明	各変異系統におけるTos17のイネゲノムリファレンス配列(日本晴、IRGSP-1.0)に対する挿入位置
データファイル	tos17_tos17_insertion.csv.zip (751 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。

項目名	項目の説明
Chromosome	染色体番号
Position	挿入位置
Direction	挿入方向
E-value	BLASTN検索のE値
Line name	系統名
Sequence Name	隣接塩基配列名

2.7 flanking

データ名	flanking
データ内容の説明	Tos17挿入隣接塩基配列のFasta形式のファイル
データファイル	tos17_flanking.zip (11 MB)

2.8 photograph

データ名	photograph
データ内容の説明	各系統から得られた表現型の写真
データファイル	tos17_photograph.zip (17 GB)

3. 本データベースの利用許諾

本データベースは、以下で定める利用許諾に基づきご利用いただくことができます。 本利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。

Creative Commons License

本データベースの利用許諾は、 クリエイティブ・コモンズ 表示-継承4.0 国際の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、"Mutant Panel ©宮尾 安藝雄 licensed under CC表示-継承4.0 国際"ですので、 利用にあたり必ず表示してください。

クリエイティブ・コモンズ 表示-継承4.0 国際の概要は こちらです。 具体的な許諾条項は こちらをご覧ください。

本データベースにおいて、以下の条件に従う限り許諾されている事項:

1. 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
2. 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
3. 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの翻案物を自由に作成し、配布することができます。

本利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件:

1. 本データベースの全部または一部、あるいは翻案物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
2. 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された翻案物は、CC表示-継承4.0(もしくは、それ以降のバージョン)、またはCC表示-継承互換ライセンス(リストはこちら)の下で配布されなければなりません。
3. 本利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。

データベース作成者連絡先:
E-mail: miyaoat_markaffrc.go.jp

4. 更新履歴

更新日	更新内容
2023年06月27日	生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始 (アーカイブ V1)

5. 参考文献

Akio Miyao, Katsuyuki Tanaka, Kazumasa Murata, Hiromichi Sawaki, Shin Takeda, Kiyomi Abe, Yoriko Shinozuka, Katsura Onosato, Hirohiko Hirochika
Target site specificity of the Tos17 retrotransposon shows a preference for insertion within genes and against insertion in retrotransposon-rich regions of the genome
Plant Cell/2003/15(8):1771-1780
PMID: 12897251

Akio Miyao, Yukimoto Iwasaki, Hidemi Kitano, Jun-Ichi Itoh, Masahiko Maekawa, Kazumasa Murata, Osamu Yatou, Yasuo Nagato, Hirohiko Hirochika
A large-scale collection of phenotypic data describing an insertional mutant population to facilitate functional analysis of rice genes
Plant Mol. Biol./2007/63(5):625-635
PMID: 17180734

6. 連絡先

「Mutant Panel」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。

miyaoat_markaffrc.go.jp
029-838-6932
宮尾安藝雄