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Trajectory Analysis in R
An R package for analysing animal trajectories, which represent the
movements of animals through space and time. It provides functions to
easily calculate various quantitative measures of trajectories such as
speed and straightness or tortuosity. It also provides a range of other
trajectory operations such as resampling to fixed step lengths
(rediscretization), determining turning angles and step
lengths, and so on. While mainly focussed on 2-dimensional trajectories,
trajr does have some functionality for analysing
3-dimensional trajectories. If you use trajr in your
research, please cite McLean, D. J., & Skowron
Volponi, M. A. (2018). trajr: An R package for characterisation of
animal trajectories. Ethology, 124(6), 440-448.
https://doi.org/10.1111/eth.12739.
trajr does not provide functionality to create
trajectories; it operates on existing trajectories that are sequences of
(x, y, time) coordinates. It does, however, provide some
functionality to generate random or constrained trajectories for
simulations or for testing of analyses.
Refer to NEWS.md for a list of changes in each
version. The article trajr:
An R package for characterisation of animal trajectories described
trajr version 1.0.0. Please refer to NEWS.md for a brief summary of what has changed since
the article was written.
$ install.packages("trajr")Or to install the latest development version directly from Github:
$ install.packages("devtools")
$ devtools::install_github("JimMcL/trajr")Or else, to install from Github and get the user documentation (vignette):
$ install.packages("devtools")
$ devtools::install_github("JimMcL/trajr", build_vignettes = TRUE)Unfortunately, installing vignettes can be time-consuming.
The best way to start is to read our paper and the package
vignette. After installation from CRAN (or from github including
vignettes), the vignette can be accessed by running
browseVignettes(package = "trajr"). The vignette for the
CRAN version is available on CRAN at
https://cran.r-project.org/web/packages/trajr/vignettes/trajr-vignette.html.
A vignette demonstrating trajectory simulation is available online at https://cran.r-project.org/web/packages/trajr/vignettes/simulations.html.
─ Session info ────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
setting value
version R version 4.2.2 (2022年10月31日 ucrt)
os Windows 10 x64 (build 22631)
system x86_64, mingw32
ui RStudio
language (EN)
collate English_Australia.utf8
ctype English_Australia.utf8
tz Australia/Sydney
date 2023年11月28日
rstudio 2023年09月1日+494 Desert Sunflower (desktop)
pandoc 2.9.2.1 @ C:\\Users\87054612円\\AppData\\Local\\Pandoc\\pandoc.exe
─ Packages ────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
package * version date (UTC) lib source
cachem 1.0.6 2021年08月19日 [1] CRAN (R 4.2.0)
callr 3.7.3 2022年11月02日 [1] CRAN (R 4.2.2)
cli 3.6.0 2023年01月09日 [1] CRAN (R 4.2.2)
crayon 1.5.2 2022年09月29日 [1] CRAN (R 4.2.2)
devtools 2.4.5 2022年10月11日 [1] CRAN (R 4.2.2)
digest 0.6.31 2022年12月11日 [1] CRAN (R 4.2.2)
ellipsis 0.3.2 2021年04月29日 [1] CRAN (R 4.2.0)
fastmap 1.1.0 2021年01月25日 [1] CRAN (R 4.2.0)
fs 1.6.1 2023年02月06日 [1] CRAN (R 4.2.3)
glue 1.6.2 2022年02月24日 [1] CRAN (R 4.2.0)
htmltools 0.5.4 2022年12月07日 [1] CRAN (R 4.2.2)
htmlwidgets 1.6.1 2023年01月07日 [1] CRAN (R 4.2.2)
httpuv 1.6.8 2023年01月12日 [1] CRAN (R 4.2.2)
later 1.3.0 2021年08月18日 [1] CRAN (R 4.2.0)
lifecycle 1.0.3 2022年10月07日 [1] CRAN (R 4.2.2)
magrittr 2.0.3 2022年03月30日 [1] CRAN (R 4.2.0)
MASS 7.3-58.1 2022年08月03日 [2] CRAN (R 4.2.2)
memoise 2.0.1 2021年11月26日 [1] CRAN (R 4.2.0)
mime 0.12 2021年09月28日 [1] CRAN (R 4.2.0)
miniUI 0.1.1.1 2018年05月18日 [1] CRAN (R 4.2.2)
pkgbuild 1.4.0 2022年11月27日 [1] CRAN (R 4.2.2)
pkgload 1.3.2 2022年11月16日 [1] CRAN (R 4.2.2)
prettyunits 1.1.1 2020年01月24日 [1] CRAN (R 4.2.0)
processx 3.8.0 2022年10月26日 [1] CRAN (R 4.2.2)
profvis 0.3.7 2020年11月02日 [1] CRAN (R 4.2.1)
promises 1.2.0.1 2021年02月11日 [1] CRAN (R 4.2.0)
ps 1.7.2 2022年10月26日 [1] CRAN (R 4.2.2)
purrr 1.0.1 2023年01月10日 [1] CRAN (R 4.2.2)
R6 2.5.1 2021年08月19日 [1] CRAN (R 4.2.0)
Rcpp 1.0.10 2023年01月22日 [1] CRAN (R 4.2.2)
remotes 2.4.2 2021年11月30日 [1] CRAN (R 4.2.0)
rlang 1.1.0 2023年03月14日 [1] CRAN (R 4.2.3)
rstudioapi 0.14 2022年08月22日 [1] CRAN (R 4.2.2)
sessioninfo 1.2.2 2021年12月06日 [1] CRAN (R 4.2.0)
shiny 1.7.4 2022年12月15日 [1] CRAN (R 4.2.2)
signal 0.7-7 2021年05月25日 [1] CRAN (R 4.2.0)
stringi 1.7.12 2023年01月11日 [1] CRAN (R 4.2.2)
stringr 1.5.0 2022年12月02日 [1] CRAN (R 4.2.2)
urlchecker 1.0.1 2021年11月30日 [1] CRAN (R 4.2.2)
usethis 2.1.6 2022年05月25日 [1] CRAN (R 4.2.2)
vctrs 0.5.2 2023年01月23日 [1] CRAN (R 4.2.2)
xtable 1.8-4 2019年04月21日 [1] CRAN (R 4.2.2)