Микронуклеус (от микро... и лат. nucleus - ядро), меньшее (генеративное) ядро у инфузорий . Микронуклеус обычно диплоиден, делится путём митоза ; при половом процессе у инфузорий - конъюгации - вступает в мейоз и даёт начало половым ядрам - т. н. пронуклеусам. В вегетативном периоде генетический аппарат Микронуклеус неактивен, не синтезирует рибонуклеиновую кислоту и на фенотип инфузорий не влияет.