URL: https://linuxfr.org/forums/linux-general/posts/grep-et-recherche-approximative Title: grep et recherche approximative Authors: groub Date: 2019年08月07日T09:47:59+02:00 License: CC By-SA Tags: Score: 3 Bonjour à tous, Je suis nouveau sur ce forum car je rencontre un problème pour lequel je n'ai pas trouvé de solution sur internet... Je travaille sur des séquences d'ADN, mais elle sont traitées ici comme du texte avec un alphabet de seulement 4 lettres A, T, G et C. Parmi les millions de séquences obtenues, je recherche celles qui ont un motif très particulier (par exemple CTAAACAGTCTTTTTTT). Avec grep, pas de soucis, j'arrive à extraire ce qui m'intéresse, mais il se trouve que le séquenceur fait parfois des erreurs et je voudrais permettre de retrouver les séquences qui pourraient avoir 1 ou 2 lettres de différent, mais pas plus... J'ai cherché dans les options de grep, je n'ai rien trouvé qui puisse m'aider. J'ai pensé aux expressions régulières, mais je débute et je ne vois pas comment faire. Est ce que quelqu'un à une petite idée ? Je sais que Awk peut faire pas mal de chose pour la manipulation de texte, est ce vous pensez que ça pourrait le faire ? (Mais là encore, je suis totalement débutant...) Merci d'avance si quelqu'un à une piste pour m'aider !