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伊勢湾は流域面積や水域面積が広く、河川流入量も多い特徴を持つ湾であり、閉鎖性海域(へいさせいかいいき)と呼ばれています。閉鎖性海域とは、湾口部が狭く、内海と外海との海水交換が行われにくい特徴があります。このような地形的な特徴は、環境悪化しやすいという懸念もあります。
陸域から流入する栄養塩類(窒素・りん)は量が多すぎると赤潮(あかしお)や貧酸素水塊(ひんさんそすいかい)等の環境悪化を引き起こしますが、生態系と支える植物プランクトンの栄養となるため、海の生物には不可欠なものとなります。
伊勢湾の生き物の約80%以上は、水深5mより浅い、藻場・干潟・浅場に生息しているといわれています。このような場所は、「海のゆりかご」と呼ばれ、重要な生物の再生産や生息場所となっています。しかし、開発による埋立等により、藻場や干潟は大きく減少しています。また、赤潮は近年減少傾向ですが、貧酸素水塊(ひんさんそすいかい)は拡大・長期化傾向にあります。
水質は改善傾向にありますが、伊勢湾の生物生息環境はまだ改善されていない状況です。
伊勢湾における藻場・干潟の変遷