京都大学東南アジア研究所は東南アジア諸国などの多数の大学および研究機関と学術交流協定(MOU, Memorandum of Understanding)を締結しています。京都大学大学院アジア・アフリカ地域研究研究科も含めた、3者間の協定とすることも少なくありません。これらの協定に基づいて、研究者の交流を促し、図書資料や研究論文などの学術情報を交換し、またセミナー、会議、シンポジウムの開催を含めた共同研究を実施しています。

京都大学東南アジア研究所との大学・研究所間交流協定は、インドネシアのハサヌディン大学のほかフィリピン大学、シンガポール国立大学、ハノイ農業大学などと締結され、共同プロジェクトを通じて活発な研究交流が行われています。タイのプリンス・オブ・ソンクラー大学理学部との間では、共同研究および研究者交流に関する覚書(MOU)が交わされています。また、ミャンマーとはイェジン農科大学、教育省東南アジア歴史地域センターと新たに協定を締結し、従来困難であったミャンマーにおける総合地域研究が開始されました。

以下は、京都大学東南アジア研究所と学術交流協定を締結している機関の一覧です。

締結年月日	国 名	機関名
2017年02月27日	インドネシア共和国	マトラム大学数学自然科学部
2016年10月13日	ブラジル連邦共和国	ミナス・ジェライス連邦大学
2016年07月25日	タイ王国	チェンマイ大学社会科学部
2016年06月01日	英国	アベリストウィス大学
2016年05月25日	カンボジア王国	王立プノンペン大学
2016年03月04日	カンボジア王国	王立農業大学
2016年03月01日	カンボジア王国	王立芸術大学
2016年02月02日	台湾	国立暨南国際大学東南アジア研究学部
2016年02月02日	台湾	国立暨南国際大学東南アジア研究所
2016年02月01日	台湾	国立政治大学東南アジア研究所
2016年01月27日	中華人民共和国	北京大学東南アジア研究所
2015年07月23日	台湾	台湾中央研究院アジア太平洋地域研究センター・人文社会学研究センター
2015年07月02日	英国	ロンドン大学 東洋アフリカ学院
2015年06月18日	フィリピン共和国	サンカルロス大学セブアノ研究センター
2015年03月18日	インドネシア共和国	バンカブリトゥン大学社会政治学部
2015年03月10日	エストニア共和国	タリン大学
2015年01月05日	タイ王国	シラパコーン大学大学院
2014年12月04日	オーストラリア連邦	シドニー大学シドニー東南アジア研究センター
2014年11月02日	ベトナム社会主義共和国	ベトナム社会科学院南部社会科学研究所
2014年10月24日	フィリピン共和国	アテネオ・デ・マニラ大学社会学部
2014年10月16日	インドネシア共和国	アンダラス大学バイオテクノロジー及びバイオインフォマティクス研究センター
2014年10月06日	英国	レスター大学地理学科
2014年09月11日	インドネシア共和国	タンジュンプラ大学社会政治学部
2014年07月03日	マレーシア	マレーシア林業研究開発委員会
2014年06月11日	インドネシア共和国	ガジャマダ大学社会政治学部
2013年12月20日	スウェーデン王国	ストックホルム大学アジア研究フォーラム
2014年04月09日	ラオス人民民主共和国	ラオス農林省国立農林業研究所
2014年03月17日	タイ王国	タマサート大学プリーディー・パノムヨン国際学部
2014年01月13日	東ティモール民主共和国	東ティモール大学
2013年12月12日	フィリピン共和国	フィリピン開発学院
2013年11月12日	中華人民共和国	香港城市大学東南アジア研究センター
2013年10月29日	タイ王国	プリンス・オブ・ソンクラ大学理学部
2013年10月09日	タイ王国	ウボン・ラチャタニ大学政治学部
2013年10月09日	ドイツ連邦共和国	パサウ大学東南アジア開発研究プログラム
2013年08月31日	ネパール連邦民主共和国	トリブバン大学ネパール・アジア研究所
2013年06月10日	フィリピン共和国	ミンダナオ国立大学イリガン工科校
2013年03月28日	ドイツ連邦共和国	フライブルグ大学東南アジア研究プログラム
2013年03月05日	台湾	国立暨南国際大学大学院東南アジア研究科
2012年12月11日	ブルネイ・ダルサラーム国	ブルネイ・ダルサラーム大学アジア研究所
2012年08月02日	アメリカ合衆国	カリフォルニア大学バークレー校東南アジア研究センター
2012年06月28日	オランダ王国	アジア国際研究所
2012年06月22日	ベトナム社会主義共和国	ハノイ農業大学
2012年06月15日	インドネシア共和国	リアウ大学
2012年04月01日	ブータン王国	ブータン王国保健省
2012年03月22日	アメリカ合衆国	コーネル大学東南アジアプログラム
2012年03月01日	中華人民共和国	上海海洋大学食品学院水産品加工及貯蔵工程学科
2011年06月03日	ブータン王国	ブータン王立大学シェルブッシェ・コレッジ
2011年06月13日	タイ王国	チェンマイ大学農学部
2010年01月07日	インドネシア共和国	パジャジャラン大学調査社会連携研究所
2008年02月25日	エジプト・アラブ共和国	カイロ大学アジア研究所・政経学部
2007年10月10日	インドネシア共和国	スルタン・アグン・ティルタヤサ大学
2007年05月17日 2007年05月18日 2007年05月30日	ラオス人民民主共和国	ラオス国立大学林学部、 農学部、 社会科学部
2006年04月28日	大韓民国	韓国東南アジア研究所
2006年04月09日	インドネシア共和国	チェンデラワシ大学
2004年09月15日	タイ王国	コンケン大学医学部
2004年08月09日	インドネシア共和国	国立イスラーム大学
2002年09月17日	バングラデシュ人民共和国	バングラデシュ国際下痢症研究センター
2002年03月25日	ミャンマー連邦共和国	東南アジア教育省組織歴史伝統地域センター
2002年03月11日	ミャンマー連邦共和国	イェジン農科大学
2001年07月23日	インドネシア共和国	インドネシア国立地理調査機構
2002年10月26日	シンガポール共和国	シンガポール国立大学人文社会科学学部
2001年09月05日	インドネシア共和国	ハサヌディン大学研究機構及び大学院プログラム