ゲノムネットワークプロジェクト

プロジェクト名 ゲノムネットワークプロジェクト

開始年度 2004

終了年度 2008

期間 -

予算額 30億円(2004年度 概算要求)
23億円(2005年度)
23億円(2006年度)
23億円(2007年度)
15億円(2008年度)

主要研究者(プロジェクト当時の所属機関) ゲノムネットワークプロジェクト実施会議 議長:榊 佳之(理化学研究所)
(ゲノム機能情報の解析)
・林崎 良英(理化学研究所 オミックス基盤研究領域)他6名
(ヒトゲノムネットワークプラットフォームの構築)
・五條堀 孝(国立遺伝学研究所)他3名
(次世代ゲノム解析技術の開発)
・伊藤 隆司 (東京大学大学院新領域創成科学研究科)他4名
(個別生命機能の解析)
・全19名
(動的ネットワーク解析技術開発)
・北野 宏明(特定非営利活動法人システム・バイオロジー研究機構)他2名

概要 遺伝子の発現調節機能に関わる網羅的な解析

プロジェクトの概要 プロジェクト概要( http://genomenetwork.nig.ac.jp/mext-life/genome/project.html ) から引用
国際ヒトゲノム計画の達成に伴い、塩基配列等のゲノム構造に関わる基盤的データが体系的に蓄積整備されつつあるなかで、ゲノム研究は本格的に機能解析の時代へと突入しています。特にヒトを対象とした機能解析の成果は、ライフサイエンスのあらゆる研究の推進にあたって重要な支柱となり、また、国民の健康的な生活及び産業構造の改革に重大な影響を及ぼすことが予想されます。
平成16年度から文部科学省によって開始されたゲノムネットワークプロジェクトでは、今後のポストゲノムシーケンシング研究の発展を目指して、国際レベルにある研究ポテンシャルを活用しつつ、遺伝子の発現調節機能やタンパク質等の生体分子間の相互作用の網羅的な解析に基づき、生命活動を成立させているネットワークを明らかにすることを目的としています。
具体的には、遺伝子発現調節領域等のヒトゲノムの機能解析、タンパク質−タンパク質相互作用の解明等といった、生体分子間相互作用について基礎データの網羅的創出を行い、創出された情報を活用することによって、発生・分化等の生命科学に関する基本的問題の解明の基盤を構築するとともに、疾患の発症機構の解明や新しい治療法の開発につながる成果を挙げることを目指しています。
研究課題概要一覧( http://genomenetwork.nig.ac.jp/mext-life/project/index.html )

主要事業内容(DBCLSによるまとめ) ●くろまる横軸研究
(ゲノム機能情報の解析)
・ゲノム機能情報の集中的解析−ヒト・マウスcDNAのCAGEタグシーケンシング(理研)
・酵母ツーハイブリッド法による転写因子間の相互作用の解明と補助因子の探索・同定(日立製作所)
・ゲノムタイリングアレイを用いたヒト転写レギュロームの解明(東工大)
・In vitro virus法による転写因子複合体の大規模解析(慶大)
・ヒト全遺伝子レトロウイルス型siRNAライブラリの構築(東大)
・ゲノムネットワーク解析に向けたヒトcDNAクローンの整備(東大)
・抗体を用いた転写因子複合体解析によるゲノムネットワークの理解(かずさDNA研究所)
(ヒトゲノムネットワークプラットフォームの構築)
・ヒトゲノムネットワーク情報システムの構築(公開DB構築、遺伝研)

●くろまる縦軸研究
(個別生命機能の解析)
・全19課題
(次世代ゲノム解析技術の開発)
・全5課題
(動的ネットワーク解析技術開発)
・全3課題

公開状況 ・コンソーシアム開示後、知的財産権の確保や論文発表がなされ次第速やかに一般公開の方針。公開までの期間は実施会議にて調整(ゲノムネットワークコンソーシアム規約/第12条(研究成果の公開)( http://genomenetwork.nig.ac.jp/mext-life/genome/pdf/gnpcommonrules2008Apr01.pdf )。
・「ゲノムネットワークプラットフォーム/5つの基本項目/一般公開」 ( http://genomenetwork.nig.ac.jp/public/contents/concept.html ) には、「半年を過ぎたデータを広く公開している」と記載されている。

データベース公開状況の分類 コンソ内部公開,一部共有

公開データベース ゲノムネットワークプラットフォーム統合データベース( http://genomenetwork.nig.ac.jp/ )

データダウンロードサイト ・データダウンロード( http://genomenetwork.nig.ac.jp/public/download/dataset.html )
・リリース情報( http://genomenetwork.nig.ac.jp/public/contents/release.html )

公開ホームページ ゲノムネットワークプロジェクト( http://genomenetwork.nig.ac.jp/mext-life/index.html )

実施省庁 文部科学省

事業化関連 ・コンソーシアム規約( http://genomenetwork.nig.ac.jp/mext-life/genome/consortium_01.html )

報告書 -

評価報告書 ・総合学術会議 評価専門調査会(第44回) 「ゲノムネットワーク研究」について
- http://www8.cao.go.jp/cstp/output/iken031125_2.pdf
- http://www8.cao.go.jp/cstp/tyousakai/hyouka/haihu29/siryo3-1-1.pdf
- http://www8.cao.go.jp/cstp/tyousakai/hyouka/haihu29/siryo3-1-2.pdf
- http://www8.cao.go.jp/cstp/tyousakai/hyouka/haihu29/siryo3-2-1.pdf
- http://www8.cao.go.jp/cstp/tyousakai/hyouka/haihu29/siryo3-2-2.pdf
- http://www8.cao.go.jp/cstp/tyousakai/hyouka/haihu29/siryo3-2-3.pdf

・総合学術会議 評価専門調査会(第45回) 平成15年度に実施した「ゲノムネットワーク研究」の評価結論について(
http://www8.cao.go.jp/cstp/tyousakai/hyouka/haihu45/siryo2-1.pdf )

・総合科学技術会議評価専門調査会 (第48回) 議事次第( http://www8.cao.go.jp/cstp/tyousakai/hyouka/haihu48/haihu-si48.html )
- 総合科学技術会議が実施する国家的に重要な研究開発の評価(2003年11月25日、総合科学技術会議)「ゲノムネットワーク研究」について( http://www8.cao.go.jp/cstp/output/iken031125_2.pdf )
- 参考1-2( http://www8.cao.go.jp/cstp/tyousakai/hyouka/haihu29/siryo3-1-2.pdf )
- 参考2-1( http://www8.cao.go.jp/cstp/tyousakai/hyouka/haihu29/siryo3-2-1.pdf )
- 参考2-2( http://www8.cao.go.jp/cstp/tyousakai/hyouka/haihu29/siryo3-2-2.pdf )
- 参考2-3( http://www8.cao.go.jp/cstp/tyousakai/hyouka/haihu29/siryo3-2-3.pdf )
- 参考1ゲノムネットワーク研究の戦略的推進(平成15年9月16日)( http://www8.cao.go.jp/cstp/tyousakai/hyouka/haihu29/siryo3-1-1.pdf )

・ゲノムネットワーク研究の戦略的推進( http://www8.cao.go.jp/cstp/tyousakai/hyouka/haihu45/siryo2-2.pdf )(ゲノムネットワークプロジェクト)の概要(平成17年5月19日)

・大規模新規研究開発の評価のフォローアップ結果( http://www8.cao.go.jp/cstp/tyousakai/hyouka/H17follow.pdf )(平成17年8月4日、総合科学技術会議)

・総合学術会議 評価専門調査会(第82回)議事次第(評価報告書(文科省提出)へのリンクを含む)( http://www8.cao.go.jp/cstp/tyousakai/hyouka/haihu82/haihu-si82.html )

・総合学術会議 評価専門調査会(第83回) 「ゲノムネットワークプロジェクト」
評価検討会調査検討結果(
http://www8.cao.go.jp/cstp/tyousakai/hyouka/haihu83/siryo2.pdf )

その他文献 ・蛋白質 核酸 酵素 Vol.49 No.17 ゲノムネットワーク特集号( http://www.kyoritsu-pub.co.jp/pne/ )
(蛋白質 核酸 酵素トップページ/バックナンバー/増刊号バックナンバーはこちら/2004年 ゲノムネットワーク)
・Genome-wide analysis of mammalian promoter architecture and evolution.Nat Genet., 38, 626-635 (2006) ( http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16645617 )