Uchiyama Ikuo

• 2024 - 2027 保存された遺伝子クラスターの網羅的探索に基づく水平移動遺伝子の包括的動態解析
• 2023 - 2026 Thousands of adaptive changes emerging from thousands of genomes within a species
• 2021 - 2026 Study on the accumulation algorithm of noxious red-tide algae in dioramic and panoramic environments.
• 2020 - 2023 実用モデル珪藻の光環境応答・適応機構の最適化
• 2018 - 2021 Why does the red tide of Heterocapsa kill only shellfish?
2017 - 2020 Comprehensive analysis of the role of horizontal gene transfer in prokaryotic genome evolution based on comparative genome analysis
2015 - 2017 Exploring the rules of reductive genome evolution in free-living bacteria
2010 - 2015 Studies on molecular mechanisms of sexual differenciation based on genome informatics approach
2009 - 2011 Selfish DNases at a diverging point to survival, death and evolution
2008 - 2010 Development of a method for core genome identification as a basis for microbial comparative genomics
2005 - 2009 Computational Biology for complicated genome system
2004 - 2004 多細胞生物進化解明の基盤としての植物不等分裂に関わる遺伝子ネットワークの解明
2003 - 2003 多細胞生物進化解明の基盤としての植物不等分裂に関わる遺伝子ネットワークの解明
2002 - 2002 ゲノム比較解析システムの構築
2000 - 2002 Roles of restriction-modification gene complexes in generation of genome diversity in bacteria
2001 - 2001 ヒメツリガネゴケで植物ホルモンオーキシン、サイトカイニン機能解明への網羅的研究
2001 - 2001 制限酵素修飾酵素遺伝子によるゲノムの存続と進化に関する実験的情報学的研究
2001 - 2001 ゲノム比較解析システムの構築
2000 - 2000 制限酵素修飾酵素遺伝子によるゲノムの存続と進化に関する実験的情報学的研究
2000 - 2000 ゲノム比較解析システムの構築
微生物ゲノムの比較解析
Comparative analysis of microbial genomes

• Ikuo Uchiyama, Motohiro Mihara, Hiroyo Nishide, Hirokazu Chiba, Masahiko Takayanagi, Mikihiko Kawai, Hideto Takami. MBGD: Microbial genome database for comparative analysis featuring enhanced functionality to characterize gene and genome functions through large-scale orthology analysis. Journal of Molecular Biology. 2025. 168957-168957
• Kaisa Thorell, Zilia Y. Muñoz-Ramírez, Difei Wang, Santiago Sandoval-Motta, Rajiv Boscolo Agostini, Silvia Ghirotto, Roberto C. Torres, Judith Romero-Gallo, Uma Krishna, Richard M. Peek, et al. The Helicobacter pylori Genome Project: insights into H. pylori population structure from analysis of a worldwide collection of complete genomes. Nature Communications. 2023. 14. 1
• Minoru Kumazawa, Hiroyo Nishide, Ryo Nagao, Natsuko Inoue-Kashino, Jian-Ren Shen, Takeshi Nakano, Ikuo Uchiyama, Yasuhiro Kashino, Kentaro Ifuku. Molecular phylogeny of fucoxanthin-chlorophyll a / c proteins from Chaetoceros gracilis and Lhcq/Lhcf diversity. Physiologia Plantarum. 2022. 174. 1
• Okubo, T., Toyoda, A., Fukuhara, K., Uchiyama, I., Harigaya, Y., Kuroiwa, M., Suzuki, T., Murakami, Y., Suwa, Y., Takami, H. The physiological potential of anammox bacteria as revealed by their core genome structure. DNA Research. 2021. 28. 1
• Linard, B., Ebersberger, I., McGlynn, S.E., Glover, N., Mochizuki, T., Patricio, M., Lecompte, O., Nevers, Y., Thomas, P.D., Gabaldón, T., et al. Ten Years of Collaborative Progress in the Quest for Orthologs. Molecular Biology and Evolution. 2021. 38. 8. 3033-3045

• 森 宙史, 藤澤 貴智, 東 光一, 中村 保一, 山田 拓司, 松井 求, 内山 郁夫. 微生物バイオインフォマティクスの最前線 マイクロバイオーム研究を先導するハブを目指したMicrobiome Datahubの開発. 日本細菌学雑誌. 2023. 78. 1. 30-30
• 森宙史, 藤澤貴智, 東光一, 中村保一, 山田拓司, 松井求, 内山郁夫. Development of an integrated microbiome database: Microbiome Datahub. 日本細菌学雑誌(Web). 2023. 78. 1
• 藤澤 貴智, 平川 英樹, 守屋 勇樹, 信定 知江, 金谷 重彦, 有田 正規, 田畑 哲之, 磯部 祥子, 東 光一, 中村 保一, et al. MicrobeDB.jpからMicrobiome Datahubへ: 微生物・植物・メタボロームのデータ統合と統合微生物データベースの再構築. トーゴーの日2022. 2022. 1
• 森宙史, 藤澤貴智, 西出浩世, 矢口貴志, 高橋弘喜, 中川善一, 山田拓司, 内山郁夫, 中村保一, 黒川顕. 微生物統合データベースMicrobeDB.jpを用いたマイクロバイオーム研究への応用. 日本ゲノム微生物学会年会要旨集. 2022. 16th (Web)
• 森 宙史, 藤澤 貴智, 西出 浩世, 矢口 貴志, 高橋 弘喜, 中川 善一, 山田 拓司, 内山 郁夫, 中村 保一, 黒川 顕. 微生物統合データベースMicrobeDB.jpと微生物群集解析. トーゴーの日2021. 2021. 1

• A library of signature pentapeptides for the Protein Data Bank(共著)
  Protein structure by distance analysis, IOS Press 1994

• 博士(科学) (東京大学)